随着农村经济的发展,国家对“三农”问题的关注程度不断加大,给中国农业上市公司提供了广阔的发展空间。农业上市公司能够提高交易效率、减少交易费用、降低交易风险,并且能够带动广大的农户脱贫致富,是农业产业化的纽带,能促进国民经济的良性循环。但是农业上市公司在发展过程中也存在着不少问题,尤其是在产权结构方面存在缺陷,主要表现在产权结构单一、产权主体缺位等方面。所以,通过研究中国农业上市公司产权结构来改善其经营绩效具有重要的意义。本文从定量的角度对中国农业上市公司进行实证分析,研究了产权结构与经营绩效的关系。为克服单一指标衡量经营绩效的缺陷,文章选取了销售净利率、主营业务收入增长率、每股收益、流动比率、速动比率、资产负债率、应收账款周转率、存货周转率、总资产周转率、净利率增长率、净资产增长率、总资产增长率等12个指标衡量农业上市公司的综合经营绩效,并用因子分析法求出了综合经营绩效值；然后用因子分析法提取的4个主要因子包含了12个原始绩效指标的主要信息,从客观上保证了综合经营绩效值的客观性与全面性；最后把用因子分析法求出的综合经营绩效值作为被解释变量与反映产权结构的解释变量放入多元线性回归模型进行回归分析,分析的结果表明：私有产权与综合经营绩效成反比例的关系,法人产权与综合经营绩效成正比例关系,国有产权与综合经营绩效成反比例的关系。产权结构是公司治理的基础,决定着公司的经营绩效。因此,合理的产权结构是公司经营绩效改善的前提。本文在最后提出了逐步降低国有股比例、实现股权结构多元化,适当提高法人股比例、建立法人相对控股结构,保护中小投资者权益、加强股权流动性等改善农业上市公司产权结构的建议。