资本市场的多层次通常体现在上市公司规模、市场监督力度、投资风险大小等方面。一个完整而且成熟的资本市场应当同时为大、中、小型企业提供融资平台和股份交易服务，在市场规模上则体现为“金字塔”结构，且各层市场之间相辅相成，互相补充，通过一种良性的互动满足不同市场主体多层次的需求。而新疆资本市场是我国多层次资本市场的有机组成，在国家相关部门的部署安排和引导下，新疆通过各方面力量的努力，其资本市场有了迅速健康的发展，对新疆经济持续稳定的发展，改善民生建设以及维护社会稳定发挥了极大的推动作用。然而这一作用在今后新疆经济社会跨越式发展和长治久安中更加重要。因此，完善新疆地区资本市场的层次结构，成为新疆资本市场发展当前面临的一项紧迫任务。文章首先阐述了多层次资本市场的涵义及其发展的必要性，同时也归纳了资本市场与区域经济增长相关的理论。接着描述了新疆目前的经济发展状况以及新疆地区多层次资本市场体系现状，阐明新疆经济的跨越式发展需要新疆资本市场的大力支持。然后通过企业资本结构和资本空间流动两种视角分析新疆地区资本市场存在的问题。最后，根据相应的问题，以及应对新疆经济跨越式发展的需求，提出完善新疆地区多层次资本市场的相关对策建议。