目的:掌握致病性小肠结肠炎耶尔森菌在我国5岁以下儿童的流行特征,确定优势流行型别。了解我国5岁以下儿童感染致病性小肠结肠炎耶尔森菌的三间分布与临床特征,为小肠结肠炎耶尔森菌的临床诊断与防控策略提供科学依据。方法:分为基于病原学诊断的总体调查和专项调查。总体调查在全国10个省份的哨点医院开展小肠结肠炎耶尔森菌的病原学监测,采集因急性腹泻就诊的病例粪便,进行小肠结肠炎耶尔森菌的检测分离与分子分型。专项调查重点通过一家儿童哨点医院开展深入调查,在总体调查的基础上开展病例个案信息调查,分析小肠结肠炎耶尔森菌感染病例的三间分布与临床特征,同时纳入一家成人腹泻病例哨点医院形成比较研究。,结果:1.总体调查2010—2015年全国10省共计纳入5岁以下儿童腹泻病例7304例,经病原学确诊共43例病例粪便分离到致病性小肠结肠炎耶尔森菌,平均感染率为0.59%,3/0:3型小肠结肠炎耶尔森菌为主要流行型别(41/43)。男性约占全部感染病例2/3(27/43),2岁以下约占全部病例70%(30/43)。85.19%(23/27)参加便常规检查的感染病例检出粪便白细胞。存在三例长期慢性排菌病例,排菌时间最长可达3个月。腹泻儿童分离到的致病性小肠结肠炎耶尔森菌多数(36/43)与猪只或农家犬分离菌株具有相同的PFGE带型,少数未在动物菌株中发现一致带型。与猪或犬菌株具有相同带型的儿童菌株中,多数(30/36)与同一省份的猪或犬菌株带型相同,少数(6/36)与其他省份的猪菌株带型一致。我国罕见的4/0:3型菌株与我国流行的3/0:3型菌株PFGE带型不存在交叉。2.专项调查2011—2015年共计纳入5岁以下儿童腹泻病例2127例,成人腹泻病例1904例,经病原学确诊共有13例儿童与2例成人病例分离到致病性小肠结肠炎耶尔森菌,儿童腹泻病例的感染率(0.61%,13/2127)高于成人(0.11%,2/1904),儿童与成人各有1例2/0:9型感染病例,余为3/0:3型感染。腹泻儿童与腹泻成人感染致病性小肠结肠炎耶尔森菌均不存在年龄、性别或季节差异。检出粪便白细胞的腹泻儿童致病性小肠结肠炎耶尔森菌感染率(1.79%)高于未检出粪便白细胞的腹泻儿童(0.00%);伴有发热的腹泻儿童感染率(2.07%)高于不伴有发热的腹泻儿童(0.42%);感染致病性小肠结肠炎耶尔森菌的腹泻儿童比一般腹泻儿童具有更高的发热与粪便白细胞阳性率。成人感染致病性小肠结肠炎耶尔森菌与发热或粪便白细胞无关。生物1A型小肠结肠炎耶尔森菌在腹泻成人的分离率(1.52%)高于5岁以下腹泻儿童(0.28%),多数成人(20/29)与全部儿童(6/6)腹泻病例分离的生物1A型菌株携带ystB基因。2岁以上腹泻儿童的分离率高于2岁以下,5岁以下儿童的夏季分离率高于秋季,儿童腹泻病例的分离率不存在性别差异;成人腹泻病例的分离率与年龄、性别或季节无关。腹泻儿童与成人生物1A型菌株的分离率与是否发热、粪便是否检出白细胞无关。结论:我国5岁以下儿童致病性小肠结肠炎耶尔森菌的感染率不亚于发达国家,流行型别为生物血清型3/0:3型。发热与粪便白细胞是腹泻儿童感染致病性小肠结肠炎耶尔森菌的临床特征。屠宰猪和农家犬与5岁以下腹泻儿童感染致病性小肠结肠炎耶尔森菌密切相关。目的:初步确认我国致病性耶尔森菌中具有差异性和代表性的小肠结肠炎耶尔森菌、假结核耶尔森菌在目前完成图测序菌株中的系统发育关系,尤其是兼具典型的致病性与非致病性小肠结肠炎耶尔森菌毒力基因表型的aill+ystB+小肠结肠炎耶尔森菌在三种致病性耶尔森菌中的系统发育地位。方法:选取具有差异性和代表性的小肠结肠炎耶尔森菌、假结核耶尔森菌进行三代完成图测序、数据组装、全基因组组分分析、功能注释与比较基因组分析,包括基于核心基因组的系统发育分析与基于SNP的系统发育分析。结果:1.基于核心基因组的系统发育分析a.在基于核心基因组(1419个单拷贝核心基因的氨基酸序列)的系统发育树中,小肠结肠炎耶尔森菌、鼠疫耶尔森菌、假结核耶尔森菌之间无交叉。本研究测序的假结核耶尔森菌与鼠疫耶尔森菌位于同一支,相对于其他假结核耶尔森菌距离鼠疫耶尔森菌的系统发育关系更近。b.小肠结肠炎耶尔森菌内,典型的致病性小肠结肠炎耶尔森菌内部存在血清型聚集性。c.小肠结肠炎耶尔森菌内,非致病性小肠结肠炎耶尔森菌与兼具致病性与非致病小肠结肠炎耶尔森菌毒力基因表型的非典型菌株分为两支。2.基于SNP的系统发育分析与基于核心基因组的系统发育分树相比,区别在于:a.本研究测序的假结核耶尔森菌与鼠疫耶尔森菌分属两支,并与NCBI的假结核耶尔森菌测序株聚为一支。b.典型的致病性小肠结肠炎耶尔森菌分支内,0:9血清型菌株QH2011-2-63B位于所有0:3和0:9血清型致病性小肠结肠炎耶尔森菌的外侧。c.非致病性小肠结肠炎耶尔森菌聚在非典型菌株分离地菌株的内部。结论:1.小肠结肠炎耶尔森菌内部在既有典型致病性小肠结肠炎耶尔森菌分支、非致病性小肠结肠炎耶尔森菌分支的基础上,新增一支兼具致病性与非致病小肠结肠炎耶尔森菌毒力基因表型的非典型小肠结肠炎耶尔森菌分支,该分支与非致病性小肠结肠炎耶尔森菌的系统发育关系更近。2.本研究组测序的假结核耶尔森菌较其他国家完成图测序的假结核耶尔森菌距离鼠疫耶尔森菌的系统发育关系更近。