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本文以ISSR分子标记方法,对来自呼和浩特,乌海,陕西大柳塔,赛罕塔拉等5个不同地区的蒙古莸自然种群的遗传多样性进行分析,探讨其遗传多样性水平和遗传结构,旨在为蒙古莸的遗传多样性保护提供分子水平的依据,进而对充分发掘利用及制定科学有效的保护措施提供理论依据。主要结果如下:1、采用单因素试验设计方法,以蒙古莸基因组DNA为ISSR-PCR扩增模板,通过建立并优化获得适合于蒙古莸的ISSR反应体系:在总体积20μL的反应体系中,1.5mmol/L dNTPs、0.5μmol/L的引物、2mmol/LMg2+、1.5U TaqDNA聚合酶、15ng模板DNA用量。PCR扩增程序为:95℃预变性5min,94℃变性1min,52℃退火1min,72℃延伸2min,共40个循环;72℃完全延伸10min,4℃保存备用。2、从加拿大哥伦比亚大学（UBC）公布的100条ISSR引物序列中筛选出15条清晰稳定且重复性好的引物进行群体扩增,共扩增出189条带,多态性条带181条。多态位点比率为94.83%,扩增片段在200-10000bp之间。其中引物807,813,835,841,844,880,810,895,892扩增多态性比率为100%,数据说明蒙古莸的多态性较丰富。5个种群内的遗传多样性比率范围为50%-84.72%,陕西省神木县大柳塔样地一种群的遗传多样性比率最大为84.72%,乌海市渡口村种群的遗传多样性比率最小为50%。3、由POPGENE 32软件分析蒙古莸遗传多样性并得到相应指数值:等位基因数（Na）1.6722、有效等位基因数（Ne）1.3641、Nei’s遗传多样度（H）0.2145、Shannon多态信息指数（I）0.3226。说明蒙古莸种群整体遗传多样性丰富。遗传多样性大小为:陕西省神木县大柳塔样地一种群>呼和浩特市大青山种群>陕西省神木县大柳塔样地二种群>赛罕塔拉柄扁桃保护区种群>乌海市渡口村种群。4、蒙古莸总的基因多样性（Ht）为0.2715,种群内的基因多样性（Hs）为0.2145,基因分化系数（Gst）为0.2102,表明21.02%的遗传变异存在于种群间,78.98%的遗传变异来自种群内,且种群内的遗传分化远远高于种群间。由基因分化系数得出蒙古莸种群间的基因流Nm水平=1.8790,表明不同地区的蒙古莸群体间基因交流较少,居群间基因分化水平较低。5、用UPGMA法进行聚类分析得到种群间的聚类图,5个地区的蒙古莸种群被分做两大类,陕西省神木县大柳塔样地一种群和样地二种群聚为一大类,呼和浩特市大青山种群,乌海市渡口村种群、赛罕塔拉柄扁桃保护区种群聚为一类。聚类结果呈现出一定的地域分布。