上世纪90年代,特别是2009年“7·5事件”以来,新疆乃至中亚地区“三股势力”日益猖獗,维稳形势愈发严峻。而民族分裂势力与暴力恐怖主义往往打着宗教的旗号,对宗教进行极端主义式的扭曲阐发,对新疆稳定造成极大危害。因此,对这种极端主义,必须坚决遏制、有效治理、彻底清除。本研究通过对极端主义的系统梳理,可以更深刻地认识其本质,还宗教以本来面目,为更好地坚持宗教信仰自由政策,有力打击三股势力提供理论参考,同时,为实现宗教和谐,探索如何以现代文化为引领消除极端主义的影响。本文首先通过概念分析,明确了极端主义不仅存在于宗教领域,也存在于学术、文艺、政治等领域,不仅存在于伊斯兰教领域,也存在于其他宗教领域。其次,通过“宗教四要素说”,对极端主义侵蚀新疆宗教的表现进行了结构解析,指出极端主义会对构成宗教的“四要素”进行全方位的渗透与侵蚀。在大量历史与现实、国内与国外材料收集的基础上,对新疆宗教历史中的极端主义现象、民族文化与传统文化的关系展开剖析,深入挖掘极端主义对宗教进行侵蚀的源起、本质与危害,并通过现实中现代文化与宗教文化、民族文化的磨合来展现以现代文化为引领的重要性与必然性。对新疆宗教领域中的极端主义现象与现代文化引领、生态文明与社会主义现代化建设的关系进行理论研究与实践分析,以多维度的视角来深刻阐释各种关系、范畴以及相关理论的内在逻辑的一致性与合理性。极端主义对新疆宗教的侵蚀历史已达三十几年,90年代开始问题变得严重而突出,采取高压严打的态势,虽然立竿见影却非长久之计,因为这是一个系统工程,除了积极引导宗教与社会主义社会相适应、依法管理宗教事务之外,以现代文化为引领,加强对原教旨主义的研究,使宗教回归正信宗教、道德宗教、文化宗教的本质属性,积极培育现代公民意识、建构现代文化基础上的国家认同,即在文化层面完成对极端主义的解构与应对才是长久之道。