硒是一种生命必须的微量元素,与多种生理过程及重大疾病有关。硒蛋白是硒在体内的主要作用形式。使用生物信息学方法对硒蛋白及其相关合成基因进行识别是硒蛋白研究的一个重要方向。近年来,伴随着生物信息学的快速发展以及大规模物种基因组测序的完成,硒蛋白的研究工作取得了重大进展。但人们对于真核生物硒蛋白的认识还非常片面,仅仅局限于某些特定分区中。而且对硒蛋白的功能和合成机制的认识还不清晰。本论文首先建立了硒蛋白识别系统,系统基于硒蛋白基因识别与编码区组装动态规划算法——Sel Gen Amic。该系统具有敏感性更高,更易用于多物种大规模硒蛋白基因识别的优点。在藻类生物基因组中识别硒蛋白,获取了超过1000个硒蛋白基因,进一步完善了真核生物中硒蛋白在不同进化阶段的分布及规模情况。各类硒蛋白的合成需要复杂的体系,基于对不同进化分支硒蛋白组规模的差异,结合硒蛋白合成体系的关键基因进行硒蛋白进化过程中相关基因的协同进化分析。本文在338种不同进化分支真核生物中识别了参与硒蛋白合成的关键基因eEFSec和SBP2,进行了系统进化分析。并且发现了与eEFSec和SBP2功能相关的重要区域。另外我们还搭建了硒蛋白的生物信息二级数据库——硒蛋白数据库网站（SPDB）,网址为www.selenoprotein.com。SPDB网站是一个以硒蛋白为主的生物信息数据共享平台,目的是提供高质量的真核生物硒蛋白基因组信息。综上所述,本论文涉及硒蛋白和硒蛋白合成基因的识别、进化分析和数据储存。先后构建完成了稳定且有效的硒蛋白基因预测系统,并使用系统进行了大规模的真核生物的硒蛋白识别分析。进行了真核生物硒蛋白合成基因eEFSec和SBP2的识别和系统进化分析,获得了其真核生物分布谱图。此外,我们构建了硒蛋白数据库网站。网站提供了硒蛋白数据查询和下载服务,是硒蛋白研究的高效工具和平台,为硒蛋白的下一步研究和发现打下基础。