耧斗菜属（Aquilegia）隶属于毛茛科（Ranunculaceae），共包括约70个物种，广泛分布于北半球温带地区。根据《中国植物志》记载，我国共有13个耧斗菜属物种，主要分布于东北、华北、西南及西北地区。其中长白耧斗菜(A.flabellata)与尖萼耧斗菜(A.oxysepala)为亲缘关系最近的姐妹物种，是一个物种复合体（species complex）。本研究从长白耧斗菜中开发出9对具有多态的基因组简单重复序列(genomic simple sequence repeat,gSSR）引物，并根据Genebank中耧斗菜属的表达序列标签（espress sequence tag，EST）设计6对具有多态的EST-SSR引物。基于这些多态的SSR引物，我们对该复合体及其它近缘物种共22个居群330个个体进行群体遗传结构分析。根据遗传多样性分析结果显示，长白耧斗菜（Ho=0.38，NA=123，Np=45）的遗传多样性最高，尖萼耧斗菜（Ho=0.26，NA=99，Np=21）的遗传多样性明显降低，杂交个体（Ho=0.62，NA=54，Np=0）、华北耧斗菜（Ho=0.38，NA=37，Np=0）和小花耧斗菜（Ho=0.29，NA=40，Np=0）的遗传多样性很低。此外，根据物种内遗传分化分析显示，长白耧斗菜种内各居群间遗传分化小于尖萼耧斗菜种内各居群间遗传分化，而物种间遗传分化分析显示，长白耧斗菜和尖萼耧斗菜两个物种间存在明显的遗传分化。导致该现象的原因可能是长白耧斗菜和尖萼耧斗菜生长于不同的生态位，由于不同生境的选择压力从而使得这两个姐妹物种产生了分化。