清王朝实行闭关锁国的政策，使中国与外部世界失去了联系。当近代化了的西方世界用商品不能敲开中国大门的时候，他们改用了轮船和枪炮。国门如同腐朽的清王朝一样迅速变为断壁残垣，于是西方事物就像失了堤的洪水一样一涌而入，并且越来越汹涌澎湃，几乎整个中国都被西方文化浸淹了。这里面有西方的器物、制度、思想、文化，包括西方医药。中国人先是恐惧和反抗，然后是体会和思考，最后竟成了学习和崇拜。当国人对西方事物的崇拜之情达到一种盲目的程度，作为中国优秀传统文化一部分的中医药不可避免地遭受了严重冲击。近代随着西方医学的传入，中医药同样遭遇了“三千年未有之变局”，改变了其固有的运行轨迹。在西医学的冲击下，中医药逐渐受到质疑，特别是政府全盘推行西方的医疗制度，形成“西医在朝，中医在野”的局面。在医学界，西医们大多举着西医学的标尺来衡量中医，认为中医不科学，甚至欲置中医于死地。在社会舆论界，一些具有社会影响的政客学者纷纷发表废医言论，对中医药进行了冷嘲热讽。在政府层面，1914年北京政府“教育系统漏列中医案”，1925年国民党政府拒绝全国教育联合会关于把中医纳入医校教育规程的申请，1929年国民政府“废止旧医以扫除医药卫生之障碍案”，以及后来《中医条例》的制定风波等，这些历史事件充分展现了近代中医的坎坷命运。中医药作为一门科学也有自身的缺陷，受中国传统文化的限制，一直没有取得突破性的发展；因为对中医药从业人员基本没有什么门槛，社会上庸医假药横行；再加上西医药的对照，中医药在外科诸方面更显不足。事实上，中医药这些内部的因素，不合时代潮流，决定了其在近代的历史命运。面对这严峻的历史情境，中医界据理力争，奋起反抗，展开了一系列的自救行动。他们纷纷创办学校以培育中医人才，组织团体以研究中医学术，设立医院以诊治民众疾患、维护中医信仰，创办报刊以宣扬中医疗效、论战西医之诋毁。可喜的是，近代中医药尽管身处危难，还是取得了一些发展。随着中西方医学的激烈碰撞，中西医汇通学派和中医科学化思潮应运而生，对中医药的生存和发展做出了重要贡献。纵观近代中国的医疗格局，中医药自始至终都占据着主体地位，散居在全国各地的广大中医仍然受到大多数国人的信任。然而，在西方文化和西医学的巨大冲击下，中医药逐渐显现出日薄西山的兆头，也是事实。值得一提的是，中国共产党采取了中西医并重的态度，这在一定意义上起到了保护中医药火种的作用。近代中医药的历史命运主要是由自身的不足和西方文化、西方医学的冲击导致的。其中，国人对传统文化的态度、对西方文化的态度和对中西方文化关系的处置是关键。至于中医药之未来，正如毛泽东曾指出的，“中国医药学是一个伟大的宝库，应当努力发掘，加以提高”，“这是一件大事，不可等闲视之”。