狂犬病野毒8202株核蛋白基因克隆和序列比较分析

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狂犬病是人类最古老的疾病之一,也是当前世界上流行最广、危害最严重的人兽共患传染病。它是由狂犬病病毒及狂犬病相关病毒所引起的,能感染几乎所有的温血动物,患病动物一旦发病几乎百分之百的死亡。据WHO的最新统计,全球每年因狂犬病死亡的人数约为3.5~5万人,而造成家畜和其他动物死亡的损失更是无法估量。但是,近年来随着分子生物学和免疫学的发展和应用,对狂犬病毒结构、基因序列及其主要功能以及发病和免疫机制等都有了新的认识和了解,使得防控狂犬病有据可依,有章可循,其中对狂犬病病毒核蛋白的研究也不断地得到深入。一般认为:狂犬病病毒核蛋白在各毒株之间序列高度保守,可用于狂犬病病毒的检测、基因分型以及研制核酸疫苗等。本实验以测定狂犬病野毒株(8202株)的N基因序列为主要研究内容,目的在于研究8202株的分子生物学特性,探讨其基因型与现用疫苗株N基因的差异和关系,为有效地使用疫苗提供科学依据。同时,也旨在为筛选弱毒株、疫苗株、研制基因工程疫苗和基因疫苗、诊断试剂及全基因序列的测定提供有关数据。本研究应用现在广泛使用的RT、半嵌套式PCR技术,设计了三个引物即一对外引物和一个内引物,对狂犬病野毒8202株核蛋白基因进行扩增,第一轮仅扩增出一条约750bp的片段,但目的片段“尚未出现”;第二轮扩增出了多条片段,其中包括目的片段,而后将目的片段与T载体相连并转化DH,获得了重组菌。应用DNAsis v 2.5 Demo软件将目的片段的测序结果与几株狂犬病病毒株3aG、PV、CVS、HEP-Flury、RC-HL、Nishigahara、SADB19进行比较分析,结果表明8202株与3aG的核苷酸和氨基酸的同源性最高,分别为93.9%和94.6%,两者均属于同一个基因型,为基因Ⅰ型并在同一个亚型之中。此外,比较发现各毒株的抗原位点Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ均相同,没有一株发生变化,但是8202株的抗原位点Ⅱ中第79位氨基酸由谷氨酰胺(Q)变成了谷氨酸(E)这可能会影响到核蛋白的空间结构和免疫原性,于是本实验又对蛋白质的二级结构进行了预测,以期为后续研究打下基础。
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