国家“十三五”提出了以改革创新为核心的发展规划,在此背景下,经济市场中企业的转型和突破也面临前所未有的机遇。医药制造业作为国民经济与健康的支柱产业,一直以研发活动为主要竞争手段,但其投资行为受到资本的较大限制且总体研发投资水平呈现规模小、回报少、质量低的特点。前人对研发投资的融资渠道研究已有较多成果,本文则从更深层次的异质性视角解释与研发相关的融资约束来源和成因,由此利于企业明确自身定位调整融资方向,利于行业把握发展趋势合理分配资本资源,利于政府针对性制定政策以充分有效地激励企业的研发活动,提升国民健康水平。为明确融资约束对我国医药制造上市公司研发投资的影响,以企业异质性为起点通过对各自影响的融资渠道分析理解融资约束对医药制造上市公司研发投资制约的根本因素。本文以2007-2014年间我国医药制造上市公司为样本,以SA指数为融资约束衡量变量,使用Logistic回归进行实证检验。经研究共得出以下结论:(1)我国医药制造行业的研发投资普遍存在融资约束,其中内部现金流短缺是最大的制约因素;(2)主营西药相对于主营中成药的企业以及民营相对于国有,东部地区相对于西部的企业在面临同样融资约束的条件下表现出更大的研发投资强度;(3)对比发现,加大研发投入能够显著提升中成药企业的盈利水平而西药企业没有明显变化,因此中成药企业更值得加大研发投资力度;(4)民营企业的政府关系与国企相比较为薄弱,在债务融资中仍面临“信贷歧视”;(5)我国东西部金融市场差距较大,地域市场发展的不均衡使得医药企业的权益资本辐射难以满足西部企业融资需求。基于以上结论,提出了创新研发内容、推进股权制衡、宏观引导企业合作等具体建议。