商标停止侵害责任的限制适用是指法院在商标侵权案件中认定商标侵权成立但不判决侵权人承担停止侵害民事责任。为了研究我国商标停止侵害责任的限制适用,界定概念、厘清性质是前提,合理性与必要性分析提供了观点支撑,现状研究是发现问题的突破口,域外经验提供了启发。商标停止侵害责任的限制与商标权的限制在规制的行为时间、性质、适用的条件上均不同。商标停止侵害责任是商标权的救济方式之一,其限制适用与商标权的属性有关。商标停止侵害责任的限制适用具有理论与现实的必要性与合理性。通过分析立法及司法实践现状,我国当前商标停止侵害责任限制适用存在的困境有:相关原则性条款缺失;限制情形及法律后果不明确。通过域外现状比较,商标停止侵害的限制已然被各国认可,并在理论和实践中不断发展。针对我国商标停止侵害责任限制适用的困境,应从相关原则的入法、限制情形的明确、明确限制后的法律后果三方面突破。商标法应将公平原则、利益平衡原则、禁止权利滥用原则规定入法。引入具有分析工具意义的比例原则具有必要性和可行性。商标停止侵害责任限制适用的情形是公共利益、竞争政策的限制、停止侵害无法执行。商标停止侵害责任限制适用后的法律后果是商标权人仅需容忍个案中的具体侵权行为以及获得替代措施救济,替代措施救济包含民事补偿性质的经济补偿以及赔礼道歉、消除影响等补救措施。