在上世纪末和本世纪初,财务丑闻在国内外相继发生,舞弊案件的频繁发生引发了上市公司对公司治理的深层次思考。上市公司不再将公司治理的焦点局限于外部治理,而是拓展其范围,加大了对内部治理的关注。内部审计作为公司治理的有机组成部分也因此受到大家的广泛关注。内部审计职能作用的有效发挥受到多方面因素的影响,其中比较重要的影响因素就是内部审计机构在上市公司中的隶属层级。在此背景下,以内部审计模式为切入点,研究不同内部审计模式对公司治理效果的影响就具有很强的理论意义和现实意义。文章在委托代理理论、信息不对称理论、交易成本理论的基础上,规范分析了不同内部审计模式对公司治理效果的影响。同时,选取了深圳证券交易所A股主板上市公司2011-2012年的经验数据,从公司业绩的角度来分析内部审计模式对公司治理效果的影响,以总资产收益率作为衡量公司治理效果的替代指标,以五种内部审计模式作为解释变量,以公司规模、负债水平、成长能力、独立董事比例作为控制变量,运用描述性统计分析、相关性分析、多元回归模型分析了内部审计模式对公司治理效果的影响。首先,通过第一次回归分析检验了独立的内部审计模式和非独立的内部审计模式对公司治理效果的影响；其次对独立的内部审计模式进行细分,进行第二次回归分析。实证研究结果表明：在提高公司治理效果方面,独立的内部审计模式和非独立的内部审计模式是有差异的；独立性越好的内部审计模式越有利于提高公司治理效果；在独立的内部审计模式中,审计委员会领导的内部审计模式对公司治理效果的提高更有利。最后,根据文章的研究结论并结合我国目前内部审计机构设置中存在的一些问题,从不同的方面提出了改进的建议和意见。