新《证券法》和《上海证券交易所科创板股票上市规则》（以下简称《科创板股票上市规则》）的发布代表着双层股权制度的法律地位正式确立,双层股权结构的产生,是投资者与公司创始人之间相互博弈的结果,其本质形式是将公司的控制权利和所有权益进行剥离,形成同股不同权的双层股权形式。放开双层股权结构的限制条件,势必会引发一些乱象,尤其是针对中小股东在双层股权结构下的权益保护问题。因此本文将从双层股权结构下中小股东与控股股东的冲突入手,并对其相应的法律制度进行分析,以保护中小股东合法权益为重点,通过借鉴域外经验,启示我国作出相应的改进路径,从而促进双层股权结构的良好运行。本文共分为五章:第一章,引言。第二章,双层股权结构中小股东权益保护问题概述,首先介绍双层股权结构的法律内涵和理论基础,从而引出在双层股权结构下超级表决权股东与中小股东的利益冲突。第三章,双层股权结构中小股东保护法律规定之不足。本章通过探讨相关法律规定深入分析在双层股权结构下对中小股东权益保护的不足之处。不足主要集中在三个方面:信息披露机制缺乏有效性、公司内外部监督机制失灵、现有的日落条款成效有限。第四章,双层股权结构下中小股东保护的完善建议,针对当前中小股东权益保护的法律规定不足之处提出改进措施。同时,通过借鉴美国、新加坡、我国香港地区的制度经验和法律规定启发我国证券市场制定严格的信息披露制度,采取具体监管模式,引进“半强制性”的定期日落条款。第五章,结语。总结双层股权结构公司只有凭借法律层面的约束和公司内部达成的契约自治才能实现双轮驱动。