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由于微卫星的亲子鉴定技术既能减少分池饲养带来的遗传性状的差异又能减少其所占用饲养池的数量和管理强度，因此其在水产养殖中得到了广泛的应用，尤其是在选育过程中。本研究应用21对微卫星标记对鲤鱼杂交家系（49-同胞家系：德国镜鲤♀×荷包红鲤♂；24-同胞家系：荷包红鲤♀×德国镜鲤♂）进行遗传多样性及遗传特性的评价，并检测影响微卫星标记鉴定准确性的几个特性，例如，多态性，零等位基因，连锁等。最终，我们获得13个多态性高、鉴别能力强的微卫星标记。研究结果如下：(1)筛选出的13对标记多态性高：在49-同胞家系中，平均有效等位基因数（K）、期望杂合度（He）、观测杂合度（Ho）、多态信息含量（PIC）分别为0.505、0.648、0.791、0.5889；在24-同胞家系中，平均有效等位基因数（K）、期望杂合度（He）、观测杂合度（Ho）、多态信息含量（PIC）分别为0.548、0.670、0.819、0.6138。(2)筛选出的13对标记鉴别能力强：在49-同胞家系和24-同胞家系中，13对标记的联合排除率（CPE）分别达到0.999997978和0.999999583。(3)获得高效率的位点组合：在两个杂交家系中，4个核心位点（MFW29, HLJ392, HLJ044, HLJ855）的联合排除率均高于99%。(4)三种情况下（一个亲本已知，NE-1P；另一个亲本已知，NE-2P；双亲都已知，NE-PP；）的联合非父排除率：在49全胞家系中分别为1.34E-02，3.91E-04，2.02E-06；在24全胞家系中分别为1.34E-02，3.91E-04，2.02E-06。(5)模拟分析显示（置信度为99%）：当使用11个或更多标记时，在49全胞家系中亲本与子代的配对率为100%；当使用9个或更多标记时，在24全胞家系中亲本与子代的配对率大于98%。(6) UPGMA聚类图表明：在混养条件下，筛选出的13对标记可以明显地将子代与无亲缘关系的家系区分开。以上结果表明本研究所筛选出13对微卫星标记完全适用于荷包红鲤与德国镜鲤杂交家系的鉴定工作，为以后的选育工作提供可靠高效的鉴定工具。水产养殖中养殖品种的抗逆性一直是大家重点关注的的问题，其中提高鱼类个体的抗病能力以应对大规模突发性疾病，如何降低死亡率已成为鲤鱼养殖中亟待解决的问题。本研究通过生物信息学和比较基因组学的原理，从已知的人体免疫相关的37个基因芯片、人类免疫相关的15个通路中，筛选并获得与鲤鱼免疫相关的候选基因493个。通过已知的内参基因序列，筛选出适合在鲤鱼基因表达研究中稳定表达的6种内参基因（18S rRNA、beta-actin、RPL-7、RPL-13α、EF1-α、B2M），共10对。本研究为构建鲤鱼免疫相关芯片提供来源清晰，目的明确的探针，从而为后续鲤鱼免疫抗病机理研究提供理论依据。