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对石斛开展了菌根真菌的分离培养、鉴定和切片观察。并对石斛组培苗进行了侵染实验，探讨了菌根真菌对石斛的促生长作用；并对石斛菌根形态学特点和功能进行了综述。
采用改良CTAB法成功提取了菌根真菌的DNA，提取的DNA纯度和质量较高，所提DNA完全可以用于DALP和ITS反应要求。
首次采用DALP分子标记技术应用于菌根真菌遗传多样性研究，对菌根真菌进行了DALP扩增。利用5个随机引物对19株菌根真菌的亲缘关系进行了分析，共检测到273个位点，其中多态位点272个，约占99.63％，平均每组引物扩增所得多态条带为54.4。groupl(丝核菌)菌株1、3、13和15，其多态位点百分比PPB为85.35％，观察等位基因数Na为1.8535，有效等位基因数Ne为1.6254为，Shannon指数I为0.5124，Nei’s遗传多样性H为0.3525；group2(丝核菌)菌株2、4、8，其多态位点百分比PPB为61.54％，观察等位基因数Na为1.6154，有效等位基因数Ne为1.4352，Shannon指数I为0.3676，Nei’s遗传多样性H为0.2514;group3(丝核菌)菌株5、6、7、11、12、16、18，其多态位点百分比PPB为80.95％，观察等位基因数Na为1.8095，有效等位基因数Ne为1.5462，Shannon指数I为0.4655，Nei’s遗传多样性H为0.3518;group4(螺卷毛壳菌)菌株10、17，其多态位点百分比PPB为19.78％，观察等位基因数Na为1.1978，有效等位基因数Ne为1.1978，Shannon指数I为0.1371，Nei’s遗传多样性H为0.0989；group5(绳生毛壳菌)菌株14、19，其多态位点百分比PPB为17.58％，Na为1.1758，Ne为1.1758，Shannon指数I为0.1219，Nei’s遗传多样性H为0.0879；group6(小核菌)菌株9，其多态位点百分比PPB52.38％，观察等位基因数Na为1.5238，有效等位基因数Ne为1.5238，Shannon指数I为0.3127，Nei’s遗传多样性H为0.2242。表明石斛菌根真菌具有丰富的遗传变异。遗传距离聚类分析显示丝核菌和毛壳菌聚为一类，并有较近的亲缘关系，而丝核菌和小核菌遗传距离较远。
利用rDNA的ITS序列对菌根真菌的亲缘关系进一步进行分析，得到19株菌根真菌ITS序列全长为介于479-545bp之间，19株菌根真菌ITS1长度为154-168bp，ITS2长度为158-171bp。变异多发生在ITS1和ITS2区，变异位点为252个，其中信息位点为108个，占ITS序列总长的22.69％。经测序得到19株菌根真菌ITS-1、5.8S和ITS-2全部序列作为一个共同数据距阵进行分析，构建了19株菌根真菌系统发育树。ITS序列分析支持把毛壳菌属划归到丝核菌属中，完全与小菌核属分开，也说明了传统的经典真菌分类学中对丝核菌的分类是科学和正确的。