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我国是荔枝原产国，也是最大荔枝生产国，栽培历史悠久，拥有世界上最丰富的种质资源。但由于种质资源的基因杂合度和遗传背景不清，同名异物或同物异名现象严重，资源保存方式单一，给种质资源的保存、评价、利用带来极大的不便。 为解决以上问题，本研究利用本实验室已建立的荔枝cDNA文库，大规模开发EST-SSR分子标记，筛选并利用特异性强的EST-SSR标记，对从全国荔枝产区收集的368份种质样品开展遗传多样性、亲缘关系、指纹图谱、遗传连锁图谱及核心种质的构建等研究，获得的结果主要如下： (1)获得245个特异性强的EST-SSR标记。利用马贵荔和三月红为引物筛选材料，对本研究所设计的800对引物进行筛选，共有245对能扩增出清晰可见且具多态性的条带，多态性引物的比例为35.1％。 (2)构建遗传连锁图谱。利用已筛选出的245对SSR引物进行以‘马贵荔’ב三月红’F1代的82个单株为作图群体的扩增，其中140对引物分离正常，共获得215个分离位点，父本特有位点69个，母本特有位点85个，双亲共有位点61个。利用joinmapR3，0软件构建父母本特有位点及共有位点的遗传连锁图，共得到8个连锁群，覆盖总图距为683cM，标记间的平均距离为7.85cM。 (3)368份荔枝种质聚类分析。利用进入连锁群的的32对EST-SSR引物，未进入连锁群的2对EST-SSR引物共计34对引物进行368份荔枝样品的扩增。共获得条带312个，平均每对引物9.2个。利用NTSYSpc-2.10e软件进行UPGMA聚类分析，结果表明，在相似系数为0.70处，可以把368份样品分为41类。 (4)368份荔枝种质遗传多样性分析。利用popgene软件进行遗传多样性分析，共产生309个多态位点，多态率99.03％，Nei’s基因多样度范围0.0660-0.4959，Shannon’s信息指数范围0.1340-0.6809，表明368份荔枝种质具有丰富的遗传多样性。 (5)构建荔枝种质资源的核心种质。用统计学软件SPSS对初始种质群体和核心种质群体的多态位点、有效等位基因、Nei’s基因多样度、Shannon’s信息指数分别做t检验，可以看出核心种质虽然只保留了初始种质的8.98％的样品，但上述各参数对初始种质的保留率分别为92.24％、101.71％、108.11％、107.30％，表明所构建的核心种质具有很好的代表性。