推进自贸区建设是新时代中央深化改革、扩大开放、推进高质量发展的重大战略部署。金融开放创新作为服务实体经济、加快产业转型升级的重要抓手是自贸区制度创新的核心内容。经过数年探索,以上海自贸区为代表的自贸区金融开放创新取得显著成果,但也存在改革缺乏系统性、金融开放活力不足等问题。尤其是在跨层级协同方面,自贸区金融创新遭遇管理主体意见不统一、职责分工不明确、协同过程碎片化等诸多困境。跨层级协同困境压缩了自贸区金融开放创新的空间与效能,自贸区金融领域制度创新效果与市场期望、人民获得感之间还存在一定缺口。自贸区金融创新为何面临跨层级政府协同困境?本文运用个案研究法,以上海自贸区为例,深入分析自贸区金融开放创新中跨层级协同的困境及成因。首先,本文选择委托-代理理论、职责同构理论、制度性集体行动理论构建文章分析框架。其次,根据实地调研和访谈,从创新阶段分析、主体关系结构和行动策略选择等角度阐述目前上海自贸区金融开放创新的跨层级协同工作过程。再次,将理论分析框架与实证材料相结合,发现自贸区金融开放创新跨层级协同出现了协同主体行动偏好不统一、职责分工不明确、协同制度设计不完善、法律协同效力不足等困境;剖析原因可能包括金融开放创新中委托代理关系的偏差加剧了协同问题的复杂性、协同关系网络因职责同构而发生异化、行政位阶逻辑影响跨层级协同的行动策略、金融开放创新的协同风险与预期收益失衡。最后,从推动中央与地方目标一致、减少事权交叉重叠、摆脱权力位阶逻辑约束、转变传统行政观念等角度提出建议,以期为我国自贸区优化金融创新的跨层级协同工作提供借鉴。在结论部分,本文以金融开放创新为例将当代中国纵向府际关系总结为“以事为中心的多组态关系结构”,即以公共事务的性质为标准对各层级政府的共有事权进行分配,形成多维度的组合模式。这一观点对财政分权、项目发包等传统分权理论进行创新,提供了打破央地之间“集权-分权”循环和优化跨层级协同工作的新视角。同时,本文也存在着实证调研不够充分、理论框架有待进一步验证等不足,将在后续的研究中继续完善。