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苔草为莎草科苔草属(Carex L.)多年生草本植物,具有自繁能力强、生长持续时间长等特点,在园林绿化、草牧业生产、生态修复等方面发挥着越来越重要的作用。为厘清苔草品种间的遗传多样性及其与地域的关系,鉴别其种类,本研究在对青绿苔草进行转录组测序的基础上,借助SSR标记技术对68份苔草资源的遗传多样性及群体结构分析,以期为苔草种类的鉴别、遗传育种等奠定基础。主要研究结果如下:(1)通过对青绿苔草(Carex breviculmis)样本进行转录组测序,共获得了总长度为 41,724,615bp 的 36,403 个 unigene,KOG 分类将 11,871 个 unigene 注释到 25 组,GO分类对11,629个unigene注释到3个大组,KEGG途径富集分析表明共有8440个unigene被注释到50个代谢途径,NR蛋白比对显示苔草与凤梨序列相似,其次为油棕和海枣。(2)开发了 8,776个简单序列重复(SSR)分子标记,筛选出多态性好的引物42对,并对68份苔草样品进行扩增,结果共扩增出180条条带,其中多态性条带180条,多态性比例100%,平均每个位点扩增4.3条条带。多态性含量指数PIC值为0.017～0.492,平均多态性含量为0.253,供试苔草的遗传距离范围在0.251-0.824之间,平均遗传距离0.480。观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为1.999、1.371、0.240和0.387,表明各苔草样品之间的遗传多样性处于较高水平。(3)利用非加权组平均(UPGMA)聚类系统聚类分析发现:发生树可将68份苔草分为两类,地域对苔草遗传信息无明显影响。PCA主成分分析分为清晰的两类,与UPGMA分类结果一致,AMOVA结果表明群体间变异指数为14%,两个群体间的Fst为4.191,P>0.001为极显著水平,说明68份苔草材料遗传背景具有明显差异性。同时本研究建立了 68份苔草的指纹图谱,通过不同引物对的组合可以一次性鉴别多种苔草,克服传统鉴别方法鉴别的困难。本研究通过青绿苔草转录组测序开发了 8,776个SSR分子标记,并应用于苔草属的遗传多样性分析及种类的鉴定,得到了较高的遗传参数,并通过UPGMA进行苔草属的分类。填补了苔草属分子标记工作的空白,对苔草种类的鉴定、优良品种的选育等具有现实意义,为苔草属以后的优势基因挖掘工作奠定基础。