在经济全球化、发展一体化、影响共同化的趋势下，科技国际化已成为当今世界的主要发展趋势和当代科技研究的重要特征之一。我国强调要进一步扩大对外开放和国际合作，在充分利用全球创新资源的基础上提升自主创新能力，高校作为我国科技创新的主力军之一，已成为我国国际科技合作最活跃的主体。医科大学集医学教学、科研于一体，是典型的知识密集型组织，其教学质量的提高和综合实力的增强，都离不开医学科学技术的国际合作与创新。构建一套医科大学国际科技合作组织运行模式评价指标体系并进行实证研究，可以为管理者提供有效的管理方法和决策依据，帮助他们更加深入地了解医科大学国际科技合作能力建设水平，准确把握发展趋势，促进管理和科技创新，实现大学全面、协调和可持续发展。本研究在复习文献和综合分析的基础上，围绕医科大学国际科技合作组织运行模式，采用文献调研法对国际科技合作理论进行了分析探讨；运用目标分解法与归类合并法，通过专家咨询，参照国内外有关科技评估的方法，初步拟定了医科大学国际科技合作组织运行模式评价指标；运用层次分析法和专家问卷调查法确定了指标权重，并在此基础上构建了一套反映医科大学国际科技合作组织运行模式的综合评价指标体系。通过一致性检验，保证了该指标体系的科学性和可靠性；运用该指标体系对某医科大学进行国际科技合作组织运行管理和发展水平的评估，建立数学模型，计算综合得分。结果证实，该指标体系能够基本反映出医科大学国际科技合作的发展趋势和管理水平，具有实用性。本研究构建了一套能够反映医科大学国际科技合作组织运行管理和发展水平的综合评价指标体系，实测证明具有较好的科学性和可操作性，为大学科技管理工作提供了新的方法和手段；为其它管理评估工作提供了有益的参考和借鉴；也为营造大学科技合作与科技创新环境，改进大学科研管理决策提供了必要的信息和理论依据。