本研究选用中国具有代表性的养殖群体普通鲫鱼、彭泽鲫、银鲫、异育银鲫及湘云鲫为研究材料，用微卫星技术分析种内的遗传多样性及种间的亲缘关系。实验采用Crooijmans et al从鲤鱼中分离出来的7对微卫星引物(MFW₁₄、MFW₁₆、MFW₁₈、MFW₂₄、MFW₂₅、MFW₂₈、MFW₂₉)和刘臻所报道的1对微卫星引物序列（MFW32），共计8对引物对这5种鲫鱼群体的基因组DNA进行扩增，均检测到了特异性片段，主要结果如下： 1．5个鲫鱼品种的8个微卫星基因座共检测到等位基因数35个，微卫星基因座的等位基因数范围为3～6，在8个微卫星基因座的等位基因平均观测数为4.375，所有群体的平均观测等位基因数大于对应的有效等位基因数，5个群体的平均观测等位基因数在3～6，而平均有效等基因数数目为2.2949～4.9661。 2．除MFW₂₄（PIC=0.4645）和MFW28（PIC=0.3241）外，其它6个微卫星基因座在5个鲫鱼品种的多态信息含量都达到了高度多态的水平，PIC值在0.5389～0.7615之间，说明鲫鱼品种具有丰富的遗传多样性。同时可以看出品种间的差异大小，以异育银鲫的平均PIC最高（0.6498），以彭泽鲫平均PIC最小（0.4539），银鲫、鲫鱼、湘云鲫的平均PIC分别为0.6322、0.4740、0.6243。 3．5个鲫鱼品种总平均杂合度为0.6760，银鲫最高（0.7269），其次分别是异育银鲫（0.7219）、湘云鲫（0.7020）、彭泽鲫（0.6315）鲫鱼最低（0.5978）。8个微卫星位点平均杂合度在0.5388～0.7942，MFW₁₈基因座平均杂合度最高，MFW₂₄基因座的平均杂合度最低。 4．五种鲫鱼的遗传距离均不大（0.0303～0.2069），群体间遗传距离最小的为银鲫和异育银鲫（0.0303），说明这两种群体的亲缘关系最近，而群体遗传距离最大的为彭泽鲫和银鲫（0.2069），可推断为这两种群体的遗传变异程度是五种群体中最大的，亲缘关系较远。聚类结果显示5个鲫鱼群体分为三支：银鲫和异育银鲫聚为一类，鲫鱼和彭泽鲫聚为一类，湘云鲫单列一支。