伴随我国财政投入的科研经费持续增多,高校的科研经费也随之大幅度上涨,而高校的科研经费主要来自于国家财政。为此,国务院、财政部以及各级教育部门等都针对高校财务管理体制、科研经费的使用监管、以及行政机构成本内部控制等颁布了一系列法律法规及规章制度。但是,通过近些年的监管检查以及群众的反映情况来看,高校的科研经费使用状况出现了诸多的问题,内部控制存在不足及监管不严的状况,这最终致使了相关经费的使用及监管产生了违纪违法现象。所以,合理使用资金、确保高校科研工作能够顺利开展,使科研经费能够得到充分合理的运用,为高校的科研工作带来更多的价值,这是本课题探究的重点及主题。本文在借鉴内部控制相关理论与发达国家科研经费管理及内部控制经验、综述国内外研究现状的基础上,运用调查研究、文献研究、案例研究等方法,介绍了ABC高校的经费监管以及内部控制情况,同时,通过多个层面对该校科研经费内部控制中存在的问题进行了解析及探究,剖析了存在问题的成因,结合ABC高校科研经费管理的实际情况及存在的问题,提出构建ABC高校科研经费内部控制体系,并结合内部控制五要素提出完善该体系的建议。