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盘基网柄菌(Dictyostelium discoideum),紫柄菌(Dictyostelium purpureum),Dictyostelium fasciculatum,轮柄菌(Polysphondylium pallidum)基因组测序已经完成。为探讨盘基网柄菌(Dictyostelium discoideum)13000条蛋白质序列同源性,文章利用公开发表的89种生物基因组序列构建本地数据库,设置E值统计阈值为1e-5,将盘基网柄菌13000条蛋白质注释序列分别与89种生物基因组进行线下Blast比较。结果表明:本文涉及动物,植物,原生动物,真菌,细菌与盘基网柄菌之间共享的为2162条基因。盘基网柄菌仅与动物特有基因为127条;仅与植物特有基因为93条;仅与原生动物特有基因为128条;仅与真菌特有基因为316条;仅与细菌特有基因为49条。 然而针对盘基网柄菌(Dictyostelium discoideum),紫柄菌(Dictyostelium purpureum),Dictyostelium fasciculatum,轮柄菌(Polysphondylium pallidum)与其他生物的碳水化合物活性酶家族(CAZymes)系统的比较分析尚未见报道。经过比较分析发现盘基网柄菌(Dictyostelium discoideum),紫柄菌(Dictyostelium purpureum),Dictyostelium fasciculatum,包括CBM,GE,GT,GH4类碳水化合物活性酶家族(CAZymes)。轮柄菌(Polysphondylium pallidum)包括CBM,GE,GT,GH,PL5类碳水化合物活性酶家族(CAZymes)。盘基网柄菌与其他生物碳水化合物活性酶家族(CAZymes)比较分析以及主成分分析表明,盘基网柄菌对碳水化合物降解能力可能与真菌更为相似。 盘基网柄菌(Dictyostelium discoideum)是目前黏菌中研究最清楚的模式生物,其捕食过程与肌动蛋白的多聚化密切相关。为探讨盘基网柄菌肌动蛋白序列的特点,本研究利用生物信息学方法分析了盘基网柄菌32条肌动蛋白的蛋白-蛋白相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)和可能含有的保守基序。结果表明:盘基网柄菌32条肌动蛋白与其他蛋白存在一组复杂相互作用关系和五组比较简单的相互作用关系;利用MEME SUITE分析盘基网柄菌32条肌动蛋白序列获得motif1,motif2,motif33个保守基序。同时分析了与盘基网柄菌肌动蛋白actin17最匹配的21种生物肌动蛋白,获得Motif1,Motif2,Motif33个保守基序。其中motif1,Motif1,Motif2为本研究发现的保守基序,这3个保守基序可定位于Profilin-actin-VASP202–244(PDB ID:3CHW)三维结构的重要位置。以上结果表明actin3,actin10,actin14,actin15,actin17,actin31可能为盘基网柄菌比较重要的肌动蛋白;motif1,Motif1,Motif2可能是盘基网柄菌肌动蛋白在进化中重要的保守基序。 本研究认为,盘基网柄菌可能是一种介于真菌与动物之间的过渡类型生物。