基于生物信息学分析探讨盘基网柄菌与其它生物间系统学关系

来源 :延边大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:upup2004
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
盘基网柄菌(Dictyostelium discoideum),紫柄菌(Dictyostelium purpureum),Dictyostelium fasciculatum,轮柄菌(Polysphondylium pallidum)基因组测序已经完成。为探讨盘基网柄菌(Dictyostelium discoideum)13000条蛋白质序列同源性,文章利用公开发表的89种生物基因组序列构建本地数据库,设置E值统计阈值为1e-5,将盘基网柄菌13000条蛋白质注释序列分别与89种生物基因组进行线下Blast比较。结果表明:本文涉及动物,植物,原生动物,真菌,细菌与盘基网柄菌之间共享的为2162条基因。盘基网柄菌仅与动物特有基因为127条;仅与植物特有基因为93条;仅与原生动物特有基因为128条;仅与真菌特有基因为316条;仅与细菌特有基因为49条。  然而针对盘基网柄菌(Dictyostelium discoideum),紫柄菌(Dictyostelium purpureum),Dictyostelium fasciculatum,轮柄菌(Polysphondylium pallidum)与其他生物的碳水化合物活性酶家族(CAZymes)系统的比较分析尚未见报道。经过比较分析发现盘基网柄菌(Dictyostelium discoideum),紫柄菌(Dictyostelium purpureum),Dictyostelium fasciculatum,包括CBM,GE,GT,GH4类碳水化合物活性酶家族(CAZymes)。轮柄菌(Polysphondylium pallidum)包括CBM,GE,GT,GH,PL5类碳水化合物活性酶家族(CAZymes)。盘基网柄菌与其他生物碳水化合物活性酶家族(CAZymes)比较分析以及主成分分析表明,盘基网柄菌对碳水化合物降解能力可能与真菌更为相似。  盘基网柄菌(Dictyostelium discoideum)是目前黏菌中研究最清楚的模式生物,其捕食过程与肌动蛋白的多聚化密切相关。为探讨盘基网柄菌肌动蛋白序列的特点,本研究利用生物信息学方法分析了盘基网柄菌32条肌动蛋白的蛋白-蛋白相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)和可能含有的保守基序。结果表明:盘基网柄菌32条肌动蛋白与其他蛋白存在一组复杂相互作用关系和五组比较简单的相互作用关系;利用MEME SUITE分析盘基网柄菌32条肌动蛋白序列获得motif1,motif2,motif33个保守基序。同时分析了与盘基网柄菌肌动蛋白actin17最匹配的21种生物肌动蛋白,获得Motif1,Motif2,Motif33个保守基序。其中motif1,Motif1,Motif2为本研究发现的保守基序,这3个保守基序可定位于Profilin-actin-VASP202–244(PDB ID:3CHW)三维结构的重要位置。以上结果表明actin3,actin10,actin14,actin15,actin17,actin31可能为盘基网柄菌比较重要的肌动蛋白;motif1,Motif1,Motif2可能是盘基网柄菌肌动蛋白在进化中重要的保守基序。  本研究认为,盘基网柄菌可能是一种介于真菌与动物之间的过渡类型生物。
其他文献
孟子是继孔子之后,战国时期儒家的集大成者.他忠实的传承了孔子的思想,发展了孔子以“仁”为核心的德治思想,将其演化为比较系统的“仁政”学说.孟子的法律思想基本上就是为
淮南王刘安写的《淮南子》中的《原道训》篇主要阐述的是道的概念,并以道说明宇宙的变化,其中很精彩的部分就是对神话的钩沉.无论是对天地自然,飞禽走兽的奇异描写,还是对自
中植372是中国农科院植保所从抗虫品系鉴定圃选育出的抗病虫高产新品系,是抗虫与丰产品种复 Zhongzhi 372 is a new pest-resistant and high-yielding line selected by th
通过远缘杂交,将抗灰霉病的多毛番茄 PI134417 单株和园艺性状优良的轮回亲本 99165-30 杂交,再利用 F1 代单株和轮回亲本回交,获得了用于构建图谱的 BC1 分离群体,利用 AFLP
第六十三章rn为无为,事无事,味无味.大小多少,报怨以德.图难于其易,为大于其细;天下难事,必作于易,天下大事,必作于细.是以圣人终不为大,故能成其大.夫轻诺必寡信,多易必多难
期刊
对我国传统音乐伦理思想进行探析,旨在揭示其产生、存在与发展的规律,为新时期正确地认识音乐伦理之现代意义提供有益启示,并引发学界对于音乐伦理问题的思考与关注.