禽流感是由A型流感病毒引起几乎所有禽类共感染的一种恶性致死性传染病,给我国和世界养禽产业带来巨大的经济损失,H9亚型AIV属于低致病性流感病毒,目前已经在我国大范围传播,迁延不愈,带来的经济损失极大。目前已经证实H9亚型禽流感已经不仅仅只感染家禽,而是已经开始逐步具有感染哺乳动物的能力;此外,禽流感病毒易发生突变引起抗原漂移,再加上不同亚型毒株之间有重组的可能,引起抗原频繁变异,带来巨大防控压力。为弄清我国H9亚型禽流感病毒的分子流行病学和HA基因流行变异演化的情况,本试验于2014年～2018年对我国部分省市的鸡群进行H9亚型AIV分离鉴定和HA基因测序分析,对所得序列用Clustal W、DNAStar和MEGA等分析软件进行HA基因的变异和遗传进化分析。试验结果显示,总共分离病料或血样532份,分离出H9亚型禽流感病毒113株,其中鸡源病毒共111株,鸭源1株,鸟源1株,分布于我国15个省份,其中山东、广东分离阳性数量最多;阳性率最高的区域为北方五省,阳性率高达27.7%,其次为华南地区,再次为云贵川地区,但其他地区的阳性率情况均在10%以上;同时在没有任何禽流感症状的鸡体内也分离出H9亚型的毒株,提示当前H9亚型流行形势严峻,带毒并可以传播病毒的动物群体更广。对HA基因的同源性和进化树分析显示,所分离到的113株病毒,均为Y280亚型,属于h9.4.2分支,并与常用疫苗株SS株、F株、696株等有了明显的基因差异,同时,H9亚型禽流感的HA基因在同一地区内同源性只有95%,提示即使在同一片区内,HA基因也已经发生了较大变异,变异程度最大的是四川和云南的两株毒株A-CK-YN-KMTQ50-2014、A-CK-SC-DYYAzw01-2015,与疫苗株同源性只有91%。提示现有H9亚型疫苗已不能完全匹配当前流行的H9毒株。HA蛋白分析显示,试验中所分离毒株的HA基因编码的氨基酸也发生了较大变异,主要变异位点为第13、66、88、145、167、168、199、424、477等氨基酸位点,在220-423位氨基酸之间是相对保守的区域,变异很小,其中A-CK-GD-HYys-2016毒株在424位插入了一个氨基酸,在HA序列的尾端有一个高度可变的区域,变异频度高,总体氨基酸序列的相似度在88.7%-97.9%之间。HA裂解位点的分析发现,HA裂解位点的氨基酸构成分两种模式,除了A/CK/SD/GMkh/2015分离株是PYRSSR↓GLF,其余分离株均是PSRSSR↓GLF。均只有一个碱性氨基酸（R）,这些特征符合低致病性禽流感病毒的特征。H9亚型毒株HA基因序列潜在糖基化位点情况,发现其在29-31、141-143、218-220、298-300、305-307、492-494和551-553氨基酸位点具有潜在糖基化位点,但部分毒株出现了新增的糖基化位点或者出现糖基化位点的缺失,提示HA蛋白的结构、抗原性等方面已经在逐渐改变。目前已有报导当前H9亚型禽流感的优势株已经逐步改变为Y280或Y280-like亚株,现有疫苗已经不能产生完全免疫保护。本试验对2014年～2018年期间的分离株测序比对也显示了这一点,研发新的疫苗毒株已经迫在眉睫。