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马传染性贫血病毒(Equine infectious anemia virus, EIAV)是逆转录病毒科慢病毒属成员,可引起马属动物的持续性感染。与其它慢病毒一样,在免疫压力作用下,EIAV基因组易于发生变异。出现的变异株能够逃避机体己建立的免疫应答,导致宿主的持续感染。与HIV-1相似的基因组高变异率和免疫逃逸机制,使得EIAV有可能作为研究HIV-1和其它慢病毒分子致病机理及免疫机制模型。虽然EIAV在世界各地都有流行,国际上关于EIAV遗传变异规律的研究仅仅集中在美洲毒株EIAVWyoming及其衍生毒株(EIAVPV、EIAVUK和EIAVWSU5等),一些日本毒株V70及其弱毒株V26(在马巨噬细胞长期培养形成的),以及中国毒株EIAVLN40及其衍生的减毒疫苗株(EIAVDLY和(EIAVFDDY)。且关于这些毒株遗传变异方面的研究大多数在各个株系间,关于单个毒株体内进化分析主要集中于gp90基因的研究,而gag和gp45基因在感染马体内的变异情况尚无报道。本研究为了明确EIAVLN40p15、p9、gp45-Ⅰ和gp45-Ⅱ基因在马体内的变异规律,将3匹马分别以1×105TCID50/匹接种EIAV强毒株EIAVLN10后,每天监测体温,定期采集血样,以检测血小板数量及测定病毒载量,并分离单核细胞,提取单核细胞中的DNA,并以其为模板,应用巢式PCR技术分别扩增EIAV前病毒DNA的p15、p9、gp45-Ⅰ和gp45-Ⅱ基因,经克隆后测序,并利用生物信息学软件进行序列分析。研究结果显示,EIAVLN40接种马没有出现马传染性贫血典型体征,外周血病毒载量一直维持在1×106拷贝/ml以下,血小板数量和马体温在正常范围内波动；EIAVLN40接种马体后,其EIAVLN40p15、p9、gp45-Ⅰ和gp45-Ⅱ基因不断发生变异,三匹马体内各基因在的氨基酸变异位点p15基因主要集中在16N/S和112M/E；p9基因集中在67F/L、115E/G和122K/M；gp45-1基因集中在9T/F/L；gp45-Ⅱ基因集中在21E/K、29G/S和33V/T。其中,2-2的序列和3-1的病毒序列回复到强毒株EIAVLN4O。与接种前EIAVLS40相比较,p15基因核苷酸和推导的氨基酸平均差异率分别为1.8%(0～2.9%)和1.7%(0-3.6%);p9分别为2.5%(0.3%～3.8%)和2.9%(0～4.8%);gp45-Ⅰ分别为1.3%(0.3～2.1%)和1.8%(0～3.2%)以及gp45-Ⅱ分别为2.1%(0%-3.4%)和2.6%(0～4.7%)。各基因的差异率变化呈现一定的规律,在EIA发热期,每个基因核苷酸和氨基酸差异率最小,其值甚至为0：在亚临床阶段,每个基因平均差异率总体上相对较高,以及各基因的变化趋势是一致的,且在体内的变化是同时发生的。此外,p15基因进化树分析结果显示,发热期(2-2、3-1)p15基因序列与EIAVLN40序列处于同一分支上,亚临床阶段大多数p15基因序列处于另一个大分支上：其它基因进化分析情况与p15基因类似。本研究首次分析了EIAVLN40P15、p9、gp45-Ⅰ和gp45-Ⅱ基因在体内进化及进化规律,这些结论将为进一步明确EIAVLN40在马体内的感染进程及其致弱机理提供依据。