核桃是重要的经济树种，中国已经拥有了一批优良品种，但是对核桃品种遗传背景的认识尚待深入。本研究结合形态学标记、AFLP分子标记和SSR标记等技术，分析了核桃品种的遗传多样性，构建了供试核桃品种核心种质，可为进一步选育优良品种奠定基础。本研究所取得的主要结果如下：（1）利用形态学标记进行分析发现，中国核桃的形态学性状变异比较丰富，供试核桃品种间的欧氏距离最小为0.4946，最大达到了25.2002，平均为6.4246。同时也有一定数量的品种在形态学性状上难以区分；（2）以核桃一年生枝条的新鲜韧皮部为试材，采用改良的CTAB法获得了高质量的基因组DNA，进一步筛选出了17对多态性高、电泳谱带清晰、谱带分离状态好的荧光引物组合，应用这些引物组合对供试核桃和泡核桃品种进行扩增，取得了良好的扩增效果，建立的荧光AFLP指纹图谱清晰有效、信息量大，为该法在核桃品种分子遗传研究中的应用奠定了良好基础；（3）应用荧光AFLP体系，对中国136个核桃和泡核桃品种进行分析，构建了136个品种的荧光AFLP指纹图谱，检测到了75个品种的314条特有带和1个品种的1条特无带，通过这些特征带能够快速地将相应品种从全部136个供试品种中辨别出来，其余材料可通过差异带进行区分；（4）供试核桃品种的AFLP扩增得到了3100条可统计的条带，其中3008条呈多态性，平均多态性带百分率为96.97%。所有供试核桃品种的遗传相似系数范围为0.1397~0.8587，平均为0.5341；等位基因频率平均为0.8358、有效等位基因数平均为1.3091、基因多样度平均为0.2867、Shannon信息指数平均为0.1956，显示中国核桃品种的遗传多样性处于中等水平。基于DICE遗传相似系数构建了136个核桃品种的聚类图，从分子水平上分析了它们的遗传多样性和亲缘关系，揭示了我国核桃品种遗传背景的复杂性，在实际应用中不仅可根据指纹图谱和聚类结果进行亲本选配，还可为核桃品种的鉴定、已知品种的保护、品种间的比较提供依据；（5）采用AFLP分子标记与形态学标记偶合的方法构建了供试核桃品种的核心种质，抽样比例为18%，保留了95%以上的遗传多样性，能够较好地代表初始种质；（6）利用AFLP数据对核桃和泡核桃种间分类关系进行分析，发现核桃的遗传多样性主要存在于群体内，群体内的变异大于群体间的变异。FCA分析和UPGMA聚类结果与遗传变异分析结果相一致，研究结果支持核桃与泡核桃可能为同一个种；（7）采用SSR反应体系对33个核桃及泡核桃品种进行分析，共检测到了117个等位基因，多态位点百分率达到了100%，平均观察杂合度（Ho）与期望杂合度（He）分别为0.3977和0.6152，与AFLP的结果相结合进行分析发现：首先，研究结果支持核桃与泡核桃为同一个种下的不同生态地理型的结论；其次，早实类型与晚实类型的差异未能从基因组DNA酶切片段和SSR上体现出来；第三，大部分川核系列品种与泡核桃品种聚在一起，显示其亲缘关系较为密切；最后，‘北京861’、‘新光’等品种具有优异的经济性状且与其它品种间的遗传距离较远，有利于遗传变异的产生，善加利用将有可能成为优秀的育种材料；（8）细胞核核糖体IGS区的DNA序列为典型的双亲遗传，在奇异杂种基因组的细胞核核糖体DNAIGS8-ETS1区中检测到了双亲本的遗传成分（约87.50%~88.89%）和子代特有的新的遗传成分（约11.11%~12.50%）。奇异杂种的遗传形成涉及到了核桃J．regia（核桃组）以及如下6种黑核桃（黑核桃组），即：北加州（函兹）黑核桃Juglans hindssiL.、南加州黑核桃J. californica、亚里桑纳黑核桃J. major、美国东部黑核桃J. nigra、小果黑核桃J. microcarpa以及J. hirsuta。细胞核核糖体DNA IGS8-ETS1区的序列有助于理解杂种形成的遗传基础，进而为选育优良砧木品种、提高核桃优良品种的繁育质量提供理论参考。