文昌鱼是现存与脊椎动物最接近的活化石，其形态和发育过程与脊椎动物的共祖十分接近。为了进一步了解文昌鱼基因组序列信息，我们从一个白氏文昌鱼的细菌人工染色体(BAC)克隆开始，使用鸟枪法测序策略成功构建了白氏文昌鱼一个BAC的亚克隆文库。经检验合格后对该亚克隆文库进行了大规模测序。共测得1984条reads，其中亚克隆reads有1885条，finish reads 99条，平均达到该BAC的8.15倍覆盖。最终得到了拼接精度为99.53％，长度为118Kb的BAC序列(未公开)。在此基础上对此BAC序列进行了比较基因组学分析，其基因组组成中有腺嘌呤29.91％，胞嘧啶20.56％，胸腺嘧啶29.32％和鸟嘌呤20.20％，总的嘌呤碱含量为50.11％，GC含量为40.76％。序列中含有1.35％的重复序列，未发现有短散布核元件。同时还发现了一个631bp的回文序列。经同源比对，在核酸水平上未发现有与此BAC序列高度同源的大片段，但发现多处小的同源序列。在此BAC中发现可能存在18个基因，其中13个可以通过同源比对确定其所属类群。这些基因平均有6.94个外显子，5.94个内含子。本研究测序完成的长度超过110Kb的白氏文昌鱼基因组连续序列约占白氏文昌鱼基因组0.02％，这将为人们进一步了解文昌鱼的基因结构提供了一些信息，为认识基因组进化历程奠定了基础。