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本论文共包括三个部分：1.综述近年来中国鲸豚类的保护遗传学研究进展2.在之前线粒体,形态学测量及核微卫星工作的基础上,考虑到核基因内元资源丰富,所承受的进化压力小,可能存在更多的变异,所以我们通过分析144头江豚(Neophocaena phocaenoides)四个核基因内元的序列,进一步分析了中国水域江豚的遗传多样性,种群遗传结构及其系统地理格局。中国水域的三个江豚种群：南海种群,黄海种群和长江种群总体的核苷酸多样性和单元型多样型分别为0.5%与0.98,0.6%与0.99,0.5%与0.95。同时总体的Fst值(PTH:0.29,P<0.001；IFN1@:0.23,P<0.001；RDS:0.12,P<0.001；KIT:0.16,P<0.001)表明超过70%的核基因内元变异来自种群内。种群遗传结构分析表明,南海种群和长江种群的分化程度最高,其次是南海种群与黄海种群,而黄海种群与长江种群的分化程度最低。然而,并没有发现中国水域的江豚种群具有明显的系统地理格局。系统发生重建和中介网络图(median-joining network)分析均未能把来自不同地理种群或者不同水域的单元型区分为独立的进化枝。研究表明中国水域的三个江豚种群均具有高的单元型多样性和相对较低的核苷酸多样性,种群间存在高水平的分化。此外,还讨论了江豚,特别是长江江豚的保护管理对策。3.测定了来自鲸目的5个物种及海豹,河马,除河马外这些物种都具有相对简单消化系统,胃或盲肠中都缺少微生物消化。我们在鲸目动物及海豹的胰核糖核酸酶基因进化发现了正选择位点的存在。在无前肠发酵的动物中发现胰核糖核酸酶基因的适应性进化为日后进一步研究该基因的功能和进化提供了参考。