L ncRNA RP3--525N10.2在肺腺癌中的临床意义及潜在靶向机制的初步探索

来源 :广西医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:a123458a
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:探索lncRNA RP3-525N10.2在肺腺癌中的临床意义及潜在靶向机制。  材料与方法:收取肺腺癌原发灶肿瘤组织及癌旁正常肺组织,最终共17对样本纳入研究。采用qRT-PCR方法检测肺组织中长链非编码RNA(Long non-coding RNA,LncRNA)RP3-525N10.2的表达水平,分析其与肺腺癌患者临床病理特征的关系。获取RP3-525N10.2在基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)和癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中肺腺癌基因表达谱数据,分别计算各研究中RP3-525N10.2的表达水平。随后整合qRT-PCR实验数据、GEO及TCGA数据库中的表达数据,通过荟萃分析明确RP3-525N10.2在肺腺癌中的表达水平及临床意义。利用生物信息学工具共获得600个RP3-525N10.2潜在靶基因。采用DAVID6.8在线生物信息学工具对RP3-525N10.2相关靶基因进行基因本体论(Gene Ontology,GO)注释和京都基因与百科全书基因组(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路分析。应用STRING数据库构建RP3-525N10.2相关靶基因蛋白互作网络,并使用Cytoscape软件中的CytoHuba插件分析计算,获取链接最多的前10个核心枢纽基因。下载TCGA数据库中肺腺癌患者的核心靶基因表达数据,应用SPSS22.0t检验分析靶基因表达水平,并应用Pearson相关分析探讨靶基因与RP3-525N10.2之间的相关性。运用SPSS22.0软件绘制受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC曲线),通过曲线下面积评估RP3-525N10.2靶基因对肺腺癌患者的诊断价值。最后根据靶基因的生存曲线判断其对肺腺癌患者预后的影响。  结果:1.RP3-525N10.2在肺腺癌中的表达及临床意义:①qRT-PCR实验显示RP3-525N10.2在17例肺腺癌组织中的表达水平显著低于对照组(P<0.001)。ROC曲线下面积为0.941(95%CI:0.851~1,P<0.001);②RP3-525N10.2在GEO及TCGA数据集中的显著下调(P<0.001),且TCGA数据库中T3-T4分期的肺腺癌患者RP3-525N10.2表达明显低于T1-T2期的患者(P<0.001),然而余临床病理特征与RP3-525N10.2无显著相关;③荟萃分析证实RP3-525N10.2在肺腺癌组织中显著降低,合并标准化平均差值为-1.53(P<0.001),综合受试者工作特征曲线的曲线下面积为0.89(95%CI:0.86-0.91),表明RP3-525N10.2对肺腺癌患者的临床诊断具有一定参考价值;2.RP3-525N10.2在肺腺癌中潜在的生物学功能及靶向作用机制:GO功能富集分析显示,最显著富集的前3个生物学过程包括GTP酶活性的正性调节、细胞内信号转导和神经系统发育;最显著富集的前3个细胞组成为突触后致密物、生长锥和轴突;最显著富集的前3个分子功能是rho-鸟嘌呤核苷酸交换因子活性、GTP酶激活剂活性及肌动蛋白结合。KEGG通路分析显示RP3-525N10.2在肺腺癌中主要通过参与胰岛素分泌、心肌细胞肾上腺素能信号传导、cGMP-PKG信号通路及MAPK信号通路等发挥作用;3.RP3-525N10.2靶基因在肺腺癌中的表达水平及临床意义:RP3-525N10.2的8个核心靶基因在肺腺癌组织中显著下调,Pearson相关分析表明RP3-525N10.2的表达与8个靶基因的表达呈正相关。ROC曲线提示上述靶基因对肺腺癌诊断均具有一定参考价值。生存曲线表明7个靶基因低表达的患者总生存期较高表达的患者具有缩短趋势,其中4个靶基因低表达的患者生存期显著缩短(Logrank P<0.05)。  结论:1.RP3-525N10.2在肺腺癌中呈低表达状态,RP3-525N10.2可能作为抑癌基因参与肿瘤进程,或可成为肺腺癌的潜在治疗靶点;2.RP3-525N10.2可能参与GTP酶的正性调节、细胞内信号转导等生物学过程;还可能通过cGMP-PKG和MAPK等信号通路在肺腺癌中发挥重要作用;3.RP3-525N10.2可能通过正向调控CACNA1C、CACNA1D、DLG4、NCAM1、GRIA1、FYN、MAP2及CACNA2D3等核心靶基因表达,在肺腺癌中发挥抑癌作用。
其他文献
在青海,流传着这样一句话:“游寺要游塔尔寺,玩玉要玩丹麻玉。”丹麻玉是指出产于该省湟中县丹麻乡的一种七彩异石,因丹麻乡地处昆仑山支脉地区,故这种彩石在20 In Qinghai,
目的:探讨低分子肝素(low molecular weight heparin,LMWH)对抗磷脂综合征(antiphospholipid syndrome,APS)复发性流产(recurrent spontaneous abortion,RSA)患者孕早期抗凝血酶
酒店管理专业是一门实践性很强的专业,传统理论和实践教学相分离的模式已经不适应现代酒店管理理念,推广和实施现代学徒制教学成为了很多职业院校的选择.酒店管理专业作为技
现在互联网及智能化设备(电脑、平板及智能手机)基本成为每个学生家庭的标准配置,具有推动教育信息化的硬件要求.根据教育部要求到2020年我国基本实现教育现代化,而教育信息
数学思想与方法是人们在学习数学、解决数学问题时所采用的思维要领、主张与战略.一道好题,往往蕴含着一种或多种数学思想方法,它不仅是数学研究性学习的好素材,还可以激发学
在职业教育改革进程不断推进的今天,学生管理作为职业教育一项重要的管理工作,对于职业教育的发展具有重要作用.基于技师学院学生特殊的学习环境和心理特征,学校应注重学生管
随着我国教育体制改革的深入,小学语文教材经历了几次调整.写作能力训练的编制是否科学直接影响着学生的学习热情和写作训练效果.研究小学语文教材中的写作能力训练编制能够
在室内设计中通过对建筑装饰材料的科学合理的使用,无论是经济实用性来看,还是从艺术审美性来看,都可以起到良好的表现效果.随着我国经济社会的不断发展,建筑装饰材料在室内
监理行业在建筑工程中的重要性越来显著,这对监理人员的要求也就越来越严格,不光在技术上要有一定的设计理论基础,还要在现场问题处理以及现场人际关系的协调上都有越来越高
在我国传统的语文教学中,教师由于长期受应试教育的影响而在实际的教学过程中只注重如何提高学生的考试成绩,对于学生的学习能力的培养往往不加以重视,这也导致师生之间缺乏