中华鳖（Pelodiscus Sinensis），隶属于爬行纲（Reptilia）、龟鳖目（Testudinata）、鳖科（Trionychidae）、鳖属（Pelodiscus），其肉质鲜嫩、风味鲜美独特，自古以来就是深受消费者喜爱的滋补珍品。近年来随着生活水平的提高，中华鳖的消费量呈逐年上升趋势，其养殖规模也逐年扩大。然而自上世纪九十年代以来，由于大量境外走私鳖涌入我国，加之各养殖场间相互引种、和近亲繁殖，导致中华鳖的种质性状出现退化，严重影响了中华鳖产业的可持续发展，因此种质保护和良种选育是中华鳖养殖产业亟待解决的重要课题。为此本文采用转录组测序技术，开发了与生长性状相关的中华鳖EST-SSR标记，分析了与经济性状关联的基因位点，并对中华鳖四个不同养殖群体的遗传结构和遗传多样性进行了分析；开展了中华鳖MSTN (Myostatin)基因的克隆及表达分析，为寻找挖掘中华鳖生长性状相关基因的分子结构和功能，及其遗传育种等工作奠定了一定的科学基础。主要研究结果如下：1基于中华鳖转录组测序的EST-SSR标记的开发、验证根据中华鳖转录组测序获得的文库序列，通过MSATCOMMANDER来检索全部非冗余unigenes中的SSR位点，并通过PRIMER3软件来设计PCR引物，再根据基因注释及GO二级分类的结果，挑选分类中生长（growth progress）、增殖（reproduction progress）、代谢（metabolism progress）三个GO二级分类条目中isogene上的SSR位点所设计的100对引物，进行多态性的验证，从中筛选得到了15对多态性引物，对太湖鳖、日本鳖、黄河鳖、淮河鳖4个中华鳖养殖群体进行基因扫描、种群遗传结构分析和多样性检测。统计各个微卫星位点的等位基因频率（P）、等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、哈德温伯格平衡PHW、多态性信息含量PIC。同时，采用MEGA3.2软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA系统进化树。分析统计结果如下：①中华鳖转录组测序组装和拼接后共得到85246条unigenes，其中在15319个（17.97%）unigenes中共检索到19452个SSR位点，微卫星分布的频率和密度分别是22.82%和177per Mb，共有11801个位点（61%）被成功设计获得引物，从三个GO二级分类条目上的isogene上的SSR位点中随机筛选设计的100对引物，经过验证，23对表现为多态性。②15对引物对四个中华鳖群体120只个体进行基因扫描共得到354个等位基因，每个位点得到的等位基因数从2至7个不等，平均等位基因数为2.95，平均有效等位基因数为2.46；平均观测杂合度为0.40，平均期望杂合度为0.55，平均多态性信息含量为0.48，达到中度多态水平（0.5>P>0.25）。③黄河鳖与日本鳖之间遗传距离最大（0.157），遗传相似系数最小（0.8547），说明两者亲缘关系较远;黄河群体与淮河群体遗传距离最小（0.0841），遗传相似系数最大（0.9194），说明两者亲缘关系较近。聚类分析结果表明：黄河鳖和淮河鳖先聚为一支，然后与太湖鳖聚合，最后才与日本鳖聚合。2中华鳖EST-SSR标记与生长性状关联性分析采用中华鳖转录组测序开发的15对多态性EST-SSR引物，对60只中华鳖的体长、体重、背甲长和裙边宽4种生长性状进行标记-性状相关性研究，结果表明：C8387位点分别与体长、体重、背甲长和裙边宽显著相关（P<0.05）和极显著相关（P<0.01），CC型、AB型分别为4种性状的优势、劣势基因型；C211位点分别与体重、背甲长和裙边宽呈极显著相关（P<0.01）和显著相关（P<0.05），其中等位基因C与体重呈负相关，CC型是裙边宽、背甲长性状的劣势基因型，而BB型和AB型分别是裙边宽和体重的优势基因型；C5670位点与体重和背甲长分别呈极显著相关（P<0.01）和显著相关（P<0.05），其中BB型和AA型分别是体重和背甲长的优势、劣势基因型；C1312和C13038位点均与体重、背甲长极显著相关（P<0.01），且C1312上的BC型、C13038上的BB型分别是中华鳖体重、背甲长性状的优势基因型。3中华鳖MSTN基因的克隆及表达分析根据中华鳖转录组测序获得的部分MSTN cDNA片段设计引物，对其5’端和3’端分别进行RACE（cDNA末端快速克隆），获得MSTN的cDNA全长，并对其进行生物信息学分析，还利用RT-PCR技术研究了MSTN基因在中华鳖不同年龄、不同组织中的表达情况，结果表明：①中华鳖MSTN基因的cDNA全长为2301bp，包含69bp的5’非编码区（5’-UTR）、1128bp的开放阅读框，共编码375个氨基酸、1084bp的3’非编码区（3’-UTR），且3’-UTR具有明显的终止密码子TGA、加尾信号AATAAA及多聚A尾巴；其中C端生物活性区含有9个保守的半胱氨酸残基；RSRR为蛋白水解加工位点；中华鳖MSTN基因编码的蛋白属于跨膜蛋白，蛋白上存在一个分泌信号肽结构，该蛋白由6个α-螺旋和16个β-折叠片组成，三维同源建模的结果符合TGF-β超家族的特征。中华鳖MSTN cDNA序列经过氨基酸序列比对，与西部锦龟（Chrysemys picta bellii）、绿海龟（Chelonia mydas）、火鸡（Meleagrisgallopavo）、鸡（Gallus gallus）、绿头鸭（Anas platyrhynchos）、人（Homo sapiens）、短尾等的相似度达到了80%~99%。②MSTN在中华鳖每个组织中都有一定量的表达，其相对表达量的高低依次为：大腿肌>心肌>肝脏>脑>肾脏>脾脏，其中在大腿肌中MSTN的表达量相对强度值为0.6064，且显著高于其他5种组织（P<0.05），而心肌和肝脏其次，分别为0.146和0.1196，而肾脏和脾脏中的表达量相对值最低，仅为0.0346和0.0289；除了大腿肌和心肌之外，其他5种组织之间差异不显著（P>0.05）。③MSTN基因在中华鳖各个年龄段都有表达，且随着年龄增长呈先升高再降低的趋势，其中3龄中华鳖MSTN表达水平相对最高，表达强度为0.2635；其次是1龄鳖和2龄鳖，相对表达量分别为0.1403，0.1819，4龄中华鳖的表达强度最低仅为0.0844；其中3龄与4龄中华鳖MSTN表达水平达到了显著性的差异（P<0.05）。