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背景:目前全球范围内肺癌仍然高居所有癌症发病率和死亡率首位,非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)约占所有肺癌的80%-85%。部分患者初诊时已是晚期肺癌。晚期NSCLC的传统治疗方式以全身化疗为主,随着表皮生长因子受体(epidermal growth factorreceptor,EGFR)基因突变在肺癌中的肿瘤驱动作用被确定,酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase inhibitors,TKIs)已取代传统化疗成为EGFR敏感突变晚期NSCLC患者的标准一线治疗。TKI治疗后耐药机制研究也成为热点。除常见的19外显子缺失和21外显子L858R经典突变外,其他EGFR少见突变对TKIs疗效及耐药机制仍不明确。埃克替尼是我国首个具有自主知识产权的口服小分子TKI,在经典突变NSCLC的临床疗效方面与其他TKIs如吉非替尼和厄洛替尼相仿。正如在经典突变中一样,少见突变对TKIs仍将出现原发或继发耐药,这类EGFR少见突变患者对TKIs耐药的产生机制一直是肺癌研究热点和难题之一。为了探索EGFR少见突变晚期NSCLC患者对一代TKI埃克替尼的耐药机制,必须首先明确其耐药基因谱及特点。既往EGFR突变与TKI疗效相关的临床研究大多未纳入EGFR少见突变患者,目前也未见大样本EGFR少见突变NSCLC患者接受埃克替尼治疗的疗效安全评估和耐药基因谱分析的相关研究。目的:采用新一代基因测序技术(next generation sequencing,NGS)检测EGFR少见突变晚期NSCLC经埃克替尼治疗后耐药的基因谱,研究EGFR少见突变、耐药突变和无疾病进展时间(progression-free survival,PFS)之间的关系,为克服耐药、靶向治疗和新药研发提供进一步的研究依据。方法:主要入组和排除标准:纳入年龄≥18岁的病理确诊晚期NSCLC病例,需要具有完整临床病理和随访资料;既往未接受过包括埃克替尼在内的任何TKIs靶向治疗,埃克替尼治疗前经RT-PCR或NGS检测证实包含EGFR少见突变(外显子18、20、21或其他形式的少见突变);接受埃克替尼治疗(125mg 口服,每日三次)≥4周;排除既往或现存合并其他恶性肿瘤或接受过抗其他肿瘤治疗、严重合并症可能影响生存期和治疗耐受性、特殊人群如妊娠期、肝肾功能不全者、治疗推迟2周以上或中断达到4周期及以上和标本保存不达标的病例。1.收集这些患者完整临床、病理、随访资料和肿瘤标本,使用RT-PCR方法或者NGS方法检测埃克替尼治疗前晚期EGFR少见突变肺癌患者的基因谱,分析一般临床病理特征、PFS与EGFR少见突变的关系;2.随访这些患者发生耐药情况,分为原发耐药和继发耐药组。分别收集其耐药后病灶或外周血ctDNA(circulating tumor DNA,ctDNA)标本,采用NGS方法检测相应的原发耐药和继发耐药基因谱,分别分析原发耐药、继发耐药基因谱与EGFR少见突变和PFS的关系;3.NGS方法检测耐药患者的病灶标本其他伴随突变,分析原发耐药与继发耐药伴随突变的差异,同时绘制耐药患者的临床特征、EGFR少见突变、耐药突变和伴随突变基因谱热图。4.统计方法:使用单因素Pearson卡方检验分析分类变量资料,必要时用Fisher’s精确概率法;T检验分析一般正态分布的连续变量资料,秩和检验分析非正态分布的数据。生存分析应用Kaplan-Meier法作图和Log-rank检验、COX回归分析方法。结果:1.本中心NSCLC患者31 17例中,经筛选共纳入196例符合入排标准的EGFR少见突变患者(占所有EGFR突变的10.88%),与经典突变相比,他们具有更轻的发病年龄和更多病理腺癌类型(p<0.001)。其中98例服用埃克替尼,这些患者EGFR少见突变包括外显子18、外显子20、外显子21以及其他少见突变。出现频率较高的单纯突变有20-Ins、L861Q、G719X、S768I和T790M;出现频率较高的复合突变有G719X+S768I、T790M+经典突变。中位随访时间6.2月,69例患者(70.41%)出现疾病进展,客观有效率(ORR)13.27%,疾病控制率(DCR)29.59%,中位PFS为5.5月(95%CI:1.2-13.2月)。亚组分析提示含经典复合突变和单纯突变在PFS显著优于不含经典突变的复合突变(p均<0.05);S768I与其他突变位点相比PFS显著缩短(p<0.05);埃克替尼治疗副反应发生率较高的是腹泻(42.9%),但3/4级副反应的发生率很低(5.1%)。2.21例(21.4%)出现原发耐药,这组病例中EGFR少见突变以S768I、L861Q、G719X和20-Ins更为常见,少见单纯突变者占76.2%;不含经典突变的复合突变PFS较单纯突变更长,但未达统计学差异(2.3月比1.8月,p=0.06)。耐药突变基因谱中,EGFR ECD、BCL2L11缺失、MET扩增发生率最高,其他包括HER2和MYC扩增、PTEN缺失和PIK3CA突变等。原发耐药基因谱与埃克替尼治疗前的少见突变类型、PFS均未见显著相关性。3.48例(49%)出现继发耐药,这组病例EGFR少见突变频率较高的是:18外显子突变(G719X)、20外显子突变(S768I)和21外显子突变(L861Q);复合突变占45.8%(22/48),其中复合经典19del突变2例,复合经典L858R突变10例;单纯突变占54.2%(26/48)。这组病例中位PFS时间6.5月,EGFR不含经典突变的复合突变PFS最短(3.3月,95%CI 2.53-4.08),差异有统计学意义。继发耐药突变可分为T790M继发型(83.3%)和T790M野生型(16.7%),其中T790M+EGFR扩增占62.5%;T790M继发型中位PFS时间6.6月,T790M野生型中位PFS时间5.3月,两组之间未见显著性差异。4.绘制了耐药病例的EGFR少见突变、耐药突变和伴随突变基因谱。原发耐药者共检测到159个伴随突变,包括TP53(61.9%)、NF1(23.8%)和DNMT3A(19.04%)等;继发耐药者共检测到114个伴随突变,包括TP53(45.8%)、SMARCA4(8.3%)和CDKN2A(8.3%)等;两组突变类型均以缺失突变和无义突变为主。原发与继发耐药比较,每个病例携带伴随突变位点数显著更多(p<0.001)。结论:本研究在EGFR少见突变NSCLC患者使用埃克替尼治疗过程中随访到近3/4病例出现耐药。EGFR少见突变的类型(尤其是否复合型、是否包含经典突变)可能影响PFS,同时与部分耐药基因突变的类型有一定的相关性。原发耐药与继发耐药各自有其基因谱分布特点,两组的耐药基因谱存在一定差异。但耐药基因类型与PFS暂未发现显著相关性,而原发耐药者携带更多的伴随突变。鉴于EGFR少见突变患者的肿瘤异质性较强,将来有必要进一步研究EGFR少见突变与TKIs耐药基因谱之间的相关性和耐药产生机制,寻找潜在可能克服耐药或新的驱动基因作为治疗靶点,为这类特殊类型NSCLC患者找到更有效的靶向药物和最佳组合用药策略。