水电开发是我国重要的能源保障战略之一，为我国能源安全、防洪、航运等方面起到了重要的支撑作用，但近年来水电开发造成的泥沙淤积等生态环境问题逐渐凸显，给流域生态系统安全带来的挑战与威胁。本研究针对水电开发造成生态环境损害鉴定评估问题，选择黄河上游流域为例，在水电开发对流域生态系统影响研究与流域生态系统损害的鉴定评估研究的基础上，明确提出水电开发造成流域生态系统生态环境损害鉴定评估的分析框架;选择流域生态需水量为综合评估指标，量化鉴定评估水电开发对流域生态系统造成的生态环境损害;并提出相应的生态调控对策，为我国流域生态系统的生态环境损害鉴定评估、流域生态保护等工作提供参考。　　研究发现:　　第一、流域生态环境损害是指流域开发建设活动、流域污染行为等人类活动对流域生态系统生态环境要素造成的不利影响，与流域生态系统结构与生态过程的不良影响及生态系统服务的受损。　　第二、流域生态环境损害鉴定评估的内容主要包括明确流域损害行为，判定流域损害基线，分析流域生态环境损害过程的机理，量化分析流域生态环境损害的损害程度，评估流域生态修复方案的科学性与合理性。其科学路径的主要框架可从损害行为，损害类型，受损生态环境要素，生态系统结构与过程，生态系统服务五个方面构建。　　第三、生态需水量可以作为流域生态环境损害鉴定评估的综合指标其原因是生态需水可作为流域生态系统健康的表征，同时生态需水对流域生态系统健康具有维持与支撑作用。基于生态需水量的流域生态环境损害鉴定评估方法当水电开发建设活动导致在活动实施前后，流域生态需水量的变化反推至生态系统状态的变化发生退化，即可判定损害行为的发生;并且，可根据生态需水量的变化程度量化表征流域生态环境损害的程度。　　第四、羊曲水电站建成运行时，导致6月-3月径流量低于该河段多年平均径流量，说明水电开发建设活动对流域生态系统造成了不良影响;在8月-10月径流量低于该河段最佳生态需水量，说明水电开发活动造成了流域生态环境损害;而径流量始终高于推荐生态需水量与最小生态需水量，说明水电开发活动不会造成生态系统完全退化。　　第五、从流域生态系统调控的角度出发，适应性管理的对策可为水电开发对流域生态系统损害管理提供可行的管理对策，具体包括合理设置生态管理分区，科学制定生态保护目标，保障生态用水的持续调控。