液晶是有别于液态和晶态的一种独立的物质形态，它既具有液体的流动性，又具有晶体的各向异性。5CB属于向列相液晶的一种，它的头部刚性很强，而它的尾部很柔软，很容易旋转和摆动。本文用分子动力学模拟软件Gromacs，对5CB这种酰碱类液晶进行模拟。 对液晶材料的研究已经有100多年的历史了，现在，在生活的各个方面液晶已经得到了广泛的应用，所以，对液晶的研究意义重大。但是目前大多数有关液晶的研究是从宏观的角度进行的，而宏观性质是由微观结构和相互作用决定的。本文采用分子动力学模拟的方法从微观角度研究液晶分子的行为，希望能从微观的角度说明宏观问题。这样的研究方法能够更加接近液晶的微观细节，反映出液晶材料的更加丰富的信息。 我们考虑了一个包含162个5cb液晶分子和4个碳板分子的模型，作为分子动力学模拟的初始模型，把它放在一个4.18nm X 4.258nm X 4.5nm的周期性盒子里。我们对数据的分析主要有四个方面： （1） 5cb的径向分布函数。 （2）系统总能量。 （3） 方位角分布。 （4） 倾角分布。 通过MD模拟我们发现，沟槽对液晶分子5cb的取向有着明显的影响，这对于液晶显示的研究和发展有着巨大的推动意义。