条斑紫菜(Pyropia/Porphyra yezoensis)实时荧光定量PCR内参基因的筛选

被引量 : 0次 | 上传用户:haha300n
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
实时荧光定量PCR是研究基因表达的一项有效的技术,但是要准确的反应基因表达状况,需要表达稳定的管家基因作为内参基因。条斑紫菜是潮间带藻类的代表性模式物种,随着潮汐作用,条斑紫菜要周期性的经历海水和空气两种截然相反的环境条件的变化,低潮时会面临诸多的环境因子剧烈变化的胁迫;同时条斑紫菜生活史为异型世代交替,存在叶状体和丝状体两种形态差异显著的世代,是研究大型藻类抗逆性机制及世代发育的良好材料。加强对条斑紫菜内参基因的筛选,将为研究相关基因的表达规律、揭示条斑紫菜的生物学特性奠定基础。本研究对条斑紫菜进行了不同的胁迫处理,包括温度变化处理、光照变化处理、失水处理三种。选取了肌动蛋白(ACT3)、泛素结合蛋白(UBC)、3-磷酸甘油脱氢酶(GAPDH)、翻译起始因子(eIF4A)、延伸因子(EF)、α微管蛋白(TUA)六个常用的管家基因作为候选基因,通过实时荧光定量PCR技术检测这6个基因在不同环境因子及发育世代下的表达稳定性,利用NormFinder、GeNorm、Best-keeper等软件筛选表达最稳定的基因。Best-keeper分析表明,在不同处理条件胁迫处理的样品中,ACT3、eIF4A、EF适合于单独内参或多个内参的选择,GAPDH适合于单独内参的选择。在不同的发育时期eIF4A、EF适合于单独内参或多个内参的选择,UBC适合于单独内参的选择。NormFinder软件分析表明,在不同的胁迫处理条件下,表达最稳定的是ACT3,其次为eIF4A和EF;而在不同的发育时期,表达最稳定的是UBC,其次为EF及GAPDH;在以上两种情况下,TUA都是表达最不稳定的,不适合作为内参基因。GeNorm软件分析表明,不管是在不同的处理条件胁迫还是不同的发育时期,eIF4A和EF是合适的一对内参基因,这与前两个软件的分析相吻合。综合三个软件的分析,若使用单一内参基因,在研究条斑紫菜不同发育时期的基因表达情况时,选择采用泛素结合蛋白UBC作为内参基因,而研究叶状体在不同环境胁迫下的基因表达时,则可选择肌动蛋白ACT3作为内参。若使用一对基因作为候选基因,eIF4A和EF是最合适的。
其他文献
随着行业的开放,短期内行业竞争会加剧,但是长期看,资源将向具有竞争优势的公司集中,有利于形成规模效应.目前页岩气已探明储量应主要归属于中石油、中石化,新引进国外公司来
近年来,随着社会经济步伐的加快,汽车化水平不断提高导致车辆自由运行空间越来越有限。道路交通拥堵严重,交通安全事故频发揭示了研究道路系统交通问题的重要性。车辆跟驰行
<正>电子商务作为一种新兴的商业模式,近年来发展势头迅猛,不仅对实体店铺的营销模式形成冲击,同时也给传统行业转变发展方式、推动改革创新带来了机遇。特别是对于港口和物
本研究探讨了不同饵料、养殖密度和光周期对点带石斑鱼(Epinephelus malabaricus)的影响,以点带石斑鱼幼鱼(15±0.5g)为材料,分别测定了小杂鱼和配合饲料以及交替投喂这两种
多不杂矿区地处西藏阿里地区的改则县,平均海拔在4700米,有“世界屋脊”之巅的称号,受地广人稀、经济落后,高寒缺氧等自然经济因素的限制,该地区的地质工作程度一直都较低。近年来
<正>在今年3月9日全国人大天津代表团媒体开放日中,天津市委书记孙春兰在谈到京津冀协同发展问题时指出,天津的举措就是着力做好"三篇文章"。一是在城市定位上错位发展、相得
随着我国社会主义市场经济的体制的完善,市场的竞争越来越激烈,这对企业的生产、管理提出了更高的要求。财务会计管理工作作为企业管理工作的核心内容,其质量的好坏以及效率
改革开放以来,浙江省不仅工业发展名列前茅,城乡社会发展的和谐程度也位居全国首位,相对于全国二元化程度不断加深的整体态势,浙江省二元差距不断缩小,出现了一种"弱二元"化
<正>近年来,国内港航企业加大对全球港口投资,特别注重在新兴的非洲市场、在相邻的亚洲市场的港口战略投资布局。本文拟通过对中远集团、中海集团、招商局国际及上港集团海外
刀具是机械制造中用于切削加工的工具,表面热处理后易形成一层覆盖物影响其使用性能.主要研究了高压水射流技术清洗刀具,通过SEM、XRD测试得出刀具表面覆盖物为NaN03、Na,H(CO3):&#1