在国内农业生产成本快速攀升与大宗农产品价格居高不下的背景下,提高农业上市公司创新效率、促进农业发展是提高农业竞争力面对的重大考验。由于农业上市公司创新发展的速度和质量与社会资源禀赋、经济科技发展水平相适应,农业上市公司创新发展和转型升级就成为化解需求供给结构矛盾的重要途径。在农业发展现代化的背景下,公司治理的重要性逐渐在农业上市公司的发展中得以体现,而科学的内部控制是保证企业治理发挥作用的重要环节,内部控制与外部资源更好的结合利用,能够促进创新竞争解决资源的配置问题,这是创新建立一种新的条件促使经济系统发生质的改变而非简单的量的扩张的本质,也成为农业上市公司创新效率提升的重要保障。本文的关注点在于:农业上市公司内部控制与创新效率现状以及内部控制对创新效率的影响机制。首先,本文梳理了国内外关于内部控制、创新效率和内部控制质量对创新效率影响的相关文献,分析了农业上市公司内部控制建设与创新发展的现有问题,并对主要问题重点阐述。在此基础上,提出了内部控制对创新效率存在当期影响与跨期作用的假设并建立回归模型;然后,采用DEA与SFA模型相结合的三阶段DEA模型计算得出农业上市公司调整后的创新效率;最后,建立内部控制与创新效率的多元回归模型检验其相关性。研究结果表明,农业上市公司内部控制质量与当期创新效率无相关关系。跨期一年时,内部控制质量与企业创新效率存在显著的正相关关系,即两者存在跨期影响。故本文认为农业上市公司内部控制仍具有较大的改进空间,加强企业内部控制能够弥补信息不对称,缓解委托代理问题,提高风险管理水平从而有助于农业上市公司创新效率的提升,有利于公司的可持续发展。据此,本文探讨了内部控制改善的途径,并为内部控制建设与创新效率提升提出了建议。本文的创新点在于创新效率核算指标的选取以及内部控制质量对创新效率的跨期影响。本文结合农业上市公司创新投资特有的新作物产出,改进并丰富了核算指标,将农业上市公司申请的新物种数纳入创新效率的核算,且本文重视内部控制的长期作用,在研究内部控制对于企业当期创新效率影响的基础上,进一步研究了内部控制对创新效率的跨期影响,为两者相关性的探究拓宽思路。