由于水稻具有较小的基因组、高效的转化技术、丰富的遗传资源,其已经成为研究单子叶植物的模式植物。目前粳稻品种已经有了高质量的日本晴参考基因组,而籼稻品种93-11的全基因组序列还存在许多问题。本课题是基于克隆连接克隆策略,运用PacBio SMRT技术对籼稻品种珍汕97(ZS97)和明恢63(MH63)进行测序项目中的一部分,主要开发一个测序数据分析平台对测序结果进行存储、组装和校正,并且对组装的序列进行了相关的后续分析。主要研究内容如下:1)基于参考基因组对初步构建的物理图谱进行改进,使ZS97的克隆重叠群总数由1736缩减至539,平均覆盖率为89.35%;MH63的克隆重叠群总数由1083缩减至401,平均覆盖率为91.08%。依照物理图谱,我们挑选覆盖各自基因组最短路径的MTP克隆(ZS97和MH63分别为4,714个和4,751个)进行测序,最终分别得到了 4,571和4,488个BAC序列。2)对所得BAC序列参照物理图谱和日本晴基因组序列进行组装,得到ZS97基因组序列大小约为347 Mbp,共有237个contig,N50为2,339,070 bp;MH63基因组序列大小约为360 Mbp,共有181个contig,N50为3,097,358 bp。完善了测序数据分析平台上基于BAC序列的基因组组装部分的功能,包括分配contig至染色体、Contig基本情况展示、Filter序列标示、AGP文件生成及下载、数据库中数据核查等内容。3)分析了着丝粒的完整性,ZS97有2个完整着丝粒序列,MH63有4个完整着丝粒序列。