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种质资源的遗传多样性评价以及种质间遗传关系研究是玉米育种研究的重要内容。本研究采用SSR分子标记技术，以6个国内和6个CIMMYT自交系为标准测验种，分析了我国玉米生产上广泛利用和具有应用潜力的119个早熟自交系的遗传多样性，并整合了我国常用的其它自交系的SSR检测数据，初步构建了包含375个玉米自交系的SSR指纹数据库。主要结果如下：1．70对SSR引物在119个早熟自交系和12个标准测验种中共检测出285个等位基因变异，每对引物检测出2-8个等位基因，平均4.07个，多态性信息量(PIC)范围从0.18到0.81，平均0.58。119个早熟和12个标准测验种共131个自交系间的遗传相似系数(GS)在0.50-0.94之间，平均0.68。利用UPGMA方法将119个早熟自交系划分为四平头、旅大红骨、PA、PB、BSSS、Lancaster等6个类群，划群结果与其系谱分析基本相符。2．基于相同的标准测验种、引物和统一规范的检测方法，整合了本实验室肖木辑博士(2006)分析189个我国常用玉米自交系遗传遗传多样性时获得的SSR检测数据，初步构建了包含375个玉米自交系的SSR指纹数据库。70对SSR引物在375个自交系中共检测出291个等位基因变异，每对引物检测出2-8个等位基因，平均为4.2个，多态性信息量(PIC)范围从0.16到0.88，平均0.60。375个自交系间遗传相似系数(GS)范围在0.30-0.98之间，平均0.64。利用UPGMA、主坐标、ME、遗传结构等分析方法将375个自交系划分为四平头、旅大红骨、PA、PB、BSSS、Lancaster等6个类群。连锁不平衡(LD)分析表明70个SSR位点在全基因组范围存在广泛的连锁不平衡。3．针对70位点在375个自交系中检测结果获得的遗传相似系数矩阵进行标准误和相关性分析，结果表明用于供试自交系遗传多样性分析使用的SSR引物数应不少于40个，获得的等位基因数应不少于180个。比较分析了不同来源标准测验种的SSR检测结果，认为12个标准测验种具有较好的稳定性和代表性，可用于供试自交系遗传多样性分析的参照自交系。