蛋白质组学是21世纪整体细胞生物学新的、最重要的内容,将为医药、农业和工业的革新提供崭新的思路。蛋白质组相关的课题成为近年来医学分子生物学领域非常活跃的研究方向。在对人类蛋白质组的研究方面,当前主要围绕于特异的组织、细胞和疾病上,通过比较研究体系内不同状态(如不同生长发育时期、给药前后、生理与病理状态)的蛋白质表达图谱,定量分析各蛋白质的变化,从而可以对不同体系(组织、细胞、体液等)内复杂代谢、调控等生物功能进行动态监测。以蛋白质组为研究手段,分析疾病与治疗之间的定量关系,正在成为临床诊断与治疗的新的发展方向。蛋白质组学作为高通量平行筛选技术在理论体系上与中医药的整体观、辨证观、动态观非常相似,尤其是作为某一阶段病理变化概况的中医的“证”,可能与机体在某一特定环境下所表达的蛋白质组存在内在必然联系。把中医的证当作疾病一定阶段某一特定状态下表达的蛋白质组功能的总和并没有牵强附会。中医学认为“证”包括了疾病处于某一阶段病因、病性、病位、病势等病理要素,是机体内外因素综合作用的反应,随着疾病的病程不同而相应发生变化。同一疾病证候不一,可以认为同一疾病不同阶段或在不同个体身上的功能基因组的表达谱——功能蛋白质组不一样,证候产生的物质基础可能就反映在蛋白质组水平上。因为疾病表现出来的症状和体征具有其分子基础,这些表现型的实质是功能基因组及其在mRNA、功能蛋白质组水平差异的外在表现,故“证”的本质可以认为是疾病个体基因型及其表达结果—蛋白质组。通过蛋白质组学技术,比较复方、各种组合的拆方作用后蛋白质表达的差异,进而确定不同配伍对应的基因靶点与功能蛋白质。这不但有利于阐明方药作用的物质基础及处方配伍的内在规律,而且还可以在治疗层面上反过来再认识“证”的实质。SELDI技术经美国赛弗吉生物系统公司(Ciphergfen Biosystems, Inc, Fremont,CA,USA)研发和商品化而形成SELDI-TOF-MS,亦常称作蛋白质指纹技术或飞行质谱技术。SELDI-TOF-MS为最近几年发展起来的一种新的蛋白质组研究方法,其以基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry, MALDI-TOF-MS)为基础并进行改进,融合了质谱和芯片两大技术的特色和优势。蛋白质芯片技术结合蛋白组学用于肿瘤研究已经发现了一系列新的肿瘤特异性生物标志物,包括前列腺癌、卵巢癌、乳腺癌、胃肠道肿瘤等,同时在肿瘤的发病机制方面也取得了一些新的进展。另中药进入人体发挥作用的最终环节大多是药物分子与蛋白质的反应。通过对蛋白质组的研究寻找不良相关蛋白；研究药靶、分子药理、毒理机制。SELDI-TOF-MS能灵敏的检测到中药用药前后机体蛋白质组表达的变化,从而能快速发现对药物敏感的机体蛋白或发现新的药靶分子。该实验以中草药鱼腥草注射液为例,实验动物(狗)为研究对象结果表明：注射鱼腥草的狗(留取给药1—9天的血清)与注射NS的狗(均留取给药1—7天的血清)相比,检测到有明显曲线变化的蛋白或者蛋白对。SELDI蛋白芯片技术只能灵敏的检测到血清中蛋白的变化,并不知道是什么蛋白,但是如果结合临床症状结合别的蛋白纯化鉴定技术手段,SELDI在中药蛋白质组学研究的将不容忽视。在中药的临床用药、药理分析、新药开发利用及药物毒性分析、药物疗效的评价等方面提供了强有力的技术手段。