从甘肃境内11个地方实地采集鼢鼠肝脏、用常规的酚抽提法提取线粒DNA、扩增、测序,并运用分子生物学软件CLUSTALX1.81软件对43个鼢鼠个体mtDNA cytb基因序列进行同源序列比对分析,用Dnasp 4.10进行单倍型多样度、核苷酸多样度和平均核苷酸差异数的分析,用MEGA3软件和DAMBE（Ver.4.2.13）计算核苷酸组成（nucleotide composition）,统计转换（transitions）和颠换（transvertions）,计算转换/颠换比率（transitions/transvertions,SiSv）及Kirnura 2-参数模型校正的遗传距离。通过这些软件分析本研究测定的高原鼢鼠（Myospalax baileyi）、甘肃鼢鼠（M.cansus）、斯氏鼢鼠（M.smith）和秦岭鼢鼠（M.qin ling）线粒体cytb基因全序列和从Genbank中获得的19条序列,总共9个群体的DNA多态性,并用MEGA3构建系统发育树。Cytb基因序列变异分析表明:①鼢鼠的cytb基因全序列长度一致为1,140bp,无插入和缺失;②Cytb全序列含386个核苷酸变异位点,333个简约信息位点,其中处于密码子第三位的变异最大,第一位和第二位碱基的变异相对较小;③Cytb基因全序列中碱基组成富含A,T,A+T含量为54.6%,且第二位点A,T偏向性更加明显,达到61.8%。所有群体在第三位点上碱基G的含量极少,平均仅为1.7%,且在种间表现出4.7%～5.5%的差异。Cytb基因在密码子使用上具有明显的偏向性;④核苷酸转换高于颠换（转换/颠换=4.0）,转换主要为C→T、T→C、A→G、G→A,颠换很少发生,碱基替换大都发生在密码子第三位,基因序列中的转换与颠换都未饱和;⑤按照cytb蛋白结构模型,cytb基因全序列可分为三个功能区,核苷酸变异多发生在跨膜区。Cytb基因的3’末端比5’末端携带有更多的系统学信息。对9个鼢鼠群体进行系统发育分析,使用3种常用的建树方法—NJ法、UPGMA法和MP法所构建的分子树的拓扑结构基本一致。分析表明:草原鼢鼠是比较古老的类型;推测斯氏鼢鼠和甘肃鼢鼠是具有共同祖先的亲戚;不同地方的同一种鼢鼠具有相同的血缘关系,具有共同祖先的亲戚。