结直肠肿瘤中KRAS和BRAF基因突变特点及检测方法对比分析的研究

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目的:研究远端结直肠腺瘤和腺癌病变中KRAS和BRAF基因突变的特点,初步了解分子学诊断在指导结直肠癌用药中的临床价值;同时,对比分析Cast PCR法和DNA直接测序法检测肠镜活检标本KRAS G12D和BRAF V600E突变的差异。方法:在肠镜下,采用活检钳收集远端结直肠腺瘤(腺瘤组,n=32)和腺癌(腺癌组,n=20)病变组织;抽提病变组织基因组DNA;并采用DNA直接测序法测定病变组织DNA的KRAS和BRAF基因序列。同时,使用Cast PCR法检测KRAS G12D和BRAF V600E突变情况。结果:1、采用DNA直接测序法在32例腺瘤组患者中,KRAS基因突变7例,突变率21.9%;20例腺癌组患者中,KRAS基因突变7例,突变率35%。两组患者KRAS基因第12密码子和第13密码子较常见突变类型均为G12D和G13D。统计学结果显示腺瘤组和腺癌组KRAS基因阳性突变率无明显统计学意义(P>0.05),而且两组患者KRAS基因阳性突变率与性别、腺瘤分化程度、腺癌分化类型之间均无明显统计学差异。两组患者均未见BRAF V600E突变。2、结直肠腺瘤组Cast PCR法检测KRAS G12D突变率28.1%,比DNA直接测序法高12.5%;结直肠癌组Cast PCR法检测KRAS G12D突变率30%,比DNA直接测序法高15%。两种方法阴性符合率100%。Mutation Detector分析结果显示Cast PCR法能够检测出突变量<1%的突变。从检测突变率分析,两种方法无统计学意义(P>0.05),结直肠腺瘤组总体符合率87.5%(Kappa值0.6429),结直肠癌组总体符合率85%(Kappa值0.5833)。两组患者均未见BRAF V600E突变。结论:1、远端结直肠腺瘤和腺癌中BRAF V600E突变率较西方国家低;KRAS基因突变率较BRAF V600E基因突变率高,与西方国家基本一致,提示检测KRAS基因突变在指导结直肠癌用药中的临床价值可能更大,可在野生型KRAS基因型结直肠癌抗EGFR单克隆抗体耐药的基础上进一步检测BRAF基因突变情况。2、Cast PCR法灵敏度高达0.1%,能够高效的检测肠镜活检标本中低突变量的KRAS G12D,而且操作简单、耗时短、可重复性强,比DNA直接测序法临床实用价值可能更高。
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