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本研究针对畜禽粪便传统堆肥发酵耗时长、氨氮等挥发性气体损失严重、对环境污染大、有效养分含量低等问题。着眼于缩短堆肥周期、加强回收循环利用、生产一种无害化、养分含量高的有机肥产品为出发点。实验室自行设计了一款畜禽粪便好氧发酵装置,其好氧发酵罐体积为75L、兼具加热、通气、搅拌等智能化控制功能,并配置了氨氮回收装置,结合试运行参数进行初步研究,并通过16SrDNA高通量测序技术分析了鸡粪堆肥过程中三个重要温度阶段细菌群落多样性变化,从而组成一个较为完整的总体框架。本研究中得到的结论主要有:1.好氧堆肥反应器运行效果评价本次堆肥实验时间为44天,好氧堆肥反应器内温度较自然堆肥温度变化显著,堆体温度高于50℃达到三天左右,而自然堆肥温度无多大变化。利用好氧堆肥反应器生产的堆肥,油菜种子发芽率由发酵前的31%提高到发酵后的85%以上,堆体发酵过程中恶臭味逐渐消失,未检测到沙门氏菌种,大肠杆菌种得到有效杀灭,无虫蝇滋扰,堆肥实验效果较好。2.堆肥过程中细菌群落微生物多样性分析1)通过结合高通量测序技术所扩增的16SrDNAV4区域特点分析鸡粪堆肥发酵过程中三个关键性温度阶段细菌群落多样性变化,得到以下几点结论:首先发现用于后续分析的有效数据（Effective Tags）达到63469个,其次用于构建OTUs并且获得注释信息的Tags数目（Taxon Tags）达到61381个,而每个样品平均得到的OTUs为417个。所有个体的“goods-coverage”均达到0.99以上。2)在门分类水平上相对丰富度前十的细菌门有Firmicutes,Proteobacteria,Bacteroidetes,Actinobacteria,Fusobacteria,Chloroflexi,Acidobacteria,Tenericutes,Spirochaetes,Nitrospirae,Others;在纲分类水平上相对丰富度前十的细菌纲有Bacilli,Gammaproteobacteria,ClostridiaFlavobacteriia,UnidentifiedActinobacteri a,Hingobacteriia,Betaproteobacteria,Erysipelotrichia,Alphaproteobacteria,Fusobacteriia,Others;在目分类水平上相对丰富度前十细菌目有Bacillales,Aeromonadales,Clostridiales,Flavobacteriales,Sphingobacteriales,Lactobacillales,Corynebacteriales,Xanthomonadales,Burkholderiales,Micrococcales,Others;在科分类水平上相对丰富度前十细菌科有Bacillaceae,Aeromonadaceae,Flavobacteriaceae,Sphingobacteriaceae,FamilyXI,Planococcaceae,Corynebacteriaceae,Xanthomonadaceae,Alcaligenaceae,Carnobacteriaceae,Others;在属分类水平上相对丰富度前十细菌属有Paucisalibacillus,Oceanisphaera,Ulvibacter,Sporosarcina,Corynebacterium1,Olivibacter,Luteimonas,Paenalcaligenes,Erysipelothrix,Sphingobacterium,Others;以上这些在各分类水平上的优势微生物菌种为将来开发新型鸡粪有机肥产品提供相关理论支撑。