合芜蚌自主创新综合配套改革试验区(下文简称为综试区)于2008年10月17日设立,是我国第一个以“自主创新”为主题的综合配套改革区。它既是“中部崛起”计划中安徽探索发展之路的重要支点,也是我国进入“新常态”后尝试创新驱动改革的“政策试验田”。因此,分析综试区设立近八年来对合芜蚌三市区域自主创新能力的影响效果并解释其影响原因,对合芜蚌三市未来发展的政策规划和实施具有重要的理论意义与现实意义。在对国内外现有研究分析、理解和运用的基础上,本文构建区域自主创新能力评价体系,选择熵值评价法对2004-2014年合芜蚌三市区域自主创新能力的发展情况进行了测度。之后,本文基于熵值测度结果构建双重差分模型,计算综试区设立及相关控制变量对合芜蚌各市区域自主创新能力的影响程度。最后,本文从创新主体和创新要素的角度,利用熵值评价法计算各创新主体和要素创新能力的部分评价指数,并分别建立双重差分模型,分析综试区设立对各创新主体和要素创新能力变动的影响程度,同时结合综试区设立以来的具体资料,对其影响原因进行理论解释。本文将熵值评价法与具体城市的各项自主创新指标相结合,测算城市区域自主创新能力值在较长时期内的变动情况,弥补了现有研究周期短、范围宽的不足。同时,在熵值法测度后结合双重差分模型进行实证分析,得出的结论比仅限于理论层面的分析更具说服力,为科学园区相关研究提供了新思路。通过一系列研究分析,本文发现合芜蚌综试区的设立显著提升了合芜蚌三市的区域自主创新能力,同时发现合肥由于其行政级别更高,创新资源更具优势,综试区设立对其区域自主创新能力的提高效果更明显,芜湖、蚌埠两市区域自主创新能力受综试区设立的影响则明显小于合肥市。经济发展水平、政府支出规模、居民储蓄水平、产业结构等相关控制变量也是区域自主创新能力的影响因素,且对三个城市的影响程度各不相同。同时,在综试区多方面因素的影响下,合芜蚌三市的高校与科研机构水平得到提升,企业与产业的竞争力得到增强,资金、人才、知识与技术、政策与环境等创新要素的创新能力均得到了不同程度的提升,但这些创新主体与创新要素的提升在三市间存在一定的差异,总体呈现出合肥最强、芜湖较强、蚌埠较弱的发展格局。本文认为目前综试区已取得初步成效,很多试验性政策值得推广,但区内仍存在城市间发展不平衡、资源配置不合理等问题,故提出以下四点政策建议:(1)加强区内创新支持力度,坚持自主创新道路。(2)促进区内创新资源流动,引导城市协调发展。(3)合理规划区内产业结构,形成产业优势互补。(4)探索研究区内成功经验,全国范围推广应用。