农业微观经济组织创新是中国农业现代化进程中的一个重大课题。在中国由传统农业向现代农业加快转变的关键阶段,如何构筑农业现代化的微观组织基础,如何稳定和完善农村基本经营制度,如何应对高度组织化国际农业的强大冲击,如何解决“谁来种地”、“如何种地”等迫切现实问题,都不能脱离农业微观经济组织创新来寻求答案。近年来,关于农业微观组织的研究较多,但从经济史的角度来研究改革开放以来中国农业微观经济组织的变迁与创新,可以为构建新型农业经营体系、推动农业现代化建设提供一个新的视角。本研究的基本逻辑框架为：从理论渊源和研究文献中获得对中国农业微观经济组织创新的基础认知,从历史变迁中探寻中国农业微观经济组织创新的规律特征,从典型国家和地区农业微观经济组织变迁的经验和教训中获得启示,以农业家庭经营组织为重点分析兼业化和专业化不同路径之间的选择取向,以典型案例剖析农民从合作到再合作过程中揭示出的组织制度创新与农业经营方式转变的互动逻辑,在对机遇和挑战的宏观把握中明晰中国农业微观经济组织创新的基本方向。对农业现代化先行国家和地区的比较研究表明：美国、法国、日本和中国台湾的农业微观经济组织变迁表现出不同特征,主要受制度环境、市场化水平、资源禀赋和非经济因素等的影响。这些国家和地区的农业微观经济组织变迁也表现出一些共同规律：家庭经营长期占据基础性地位,合作经营组织、企业经营组织等多种组织并存且高度组织化,微观经济组织变迁呈企业化、专业化、多元化和高端化趋势。这对中国农业微观经济组织创新具有重要借鉴意义。对历史变迁轨迹的回顾表明：改革开放以来,中国农户家庭的微观经济组织基础地位被重新确立,家庭承包经营制度运行中显示出来的不足之处又催生着农业微观经济组织持续创新,使农业微观经济组织向多元化方向变迁。农业微观经济组织变迁所处的制度环境主要包括经济体制转轨、农地制度变革、工农关系调整和法律制度完善,农业微观经济组织变迁的动力主要包括降低交易费用、解决现实矛盾和获取政策支持。在农业微观经济组织变迁的实现路径上,制度变迁所采取的具体方式,能否取得“同意一致性”和意识形态的影响至关重要。兼业化和专业化是中国农业家庭经营组织分化的两个趋势。当前,专业化农业家庭经营组织在人力资本条件、土地产出效率、劳动生产率和生产经营绩效等方面具有比较优势,但也表现出受政策主导的特征。大部分农户并没有向家庭农场发展的意愿,而且兼业小农对农业生产的不利影响也并非不可克服,兼业经营农户的长期存在具有客观必然性。专业化与兼业化是中国农业家庭经营组织分化两个并行不悖的方向。通过对农民专业合作社联合社典型案例的分析发现,农业经营方式转变和组织制度创新,既是不同利益相关者利益协调和有机结合的产物,也是在现有制度环境约束下不断“试错”和优选的结果。案例中土地托管和专业合作社的发展、联合社服务能力的提升,有利于解决发展现代农业中“谁来种地”、“如何种地”的问题。未来一个时期,外部环境条件的变化和相关政策法规的健全完善,给予了中国农业微观经济组织创新以全新的机遇,与此同时也面临着一系列现实矛盾和挑战,农业微观经济组织创新将呈现出多元化、一体化和网络化的基本格局。应进一步明确方向、完善政策,为中国农业微观经济组织创新提供有利的环境条件。