随着知识经济和全球经济一体化的进程加速,农业科研单位间的竞争越来越激烈,动荡的外部环境势必也将给中国麻类所带来猛烈的冲击,生存和发展的危机不断出现。从某种程度上来讲,中国麻类所在经营与发展过程中遇到挫折和危机是正常和难免的,它是农业科研单位生存和发展中存在的一种普遍客观现象。因此,农业科研单位必须及时构建企业化运作机制平台、找准市场定位,以随时应对、化解一切风险和危机。但是,在构建企业化运作机制平台的实践中,经营者和管理者们往往只重视财务、营销、公关及人力资源管理等问题,而忽视了对企业化运行机制问题本身的研究。其实,目前农业科研单位在运营中的绝大多数的问题都是由企业内部运行机制引起的,因此,实施积极有效的企业化运行机制改革应该是农业科研单位改制的关键。在回顾我国科技体制改革的历程和中国麻类所建所近五十年管理实践的基础上,对中国麻类所现行运行机制存在的问题进行了剖析,提出了进行企业化运行机制改革的思路;通过对企业化运作理论及实践的研究,文章进一步指出中国麻类所企业化运行机制改革的重点应放在探寻企业化转制的难点和突破难点的方法上;在构建新的企业化运行机制方面,文章提出了改革的指导思想、方向、原则、目标、方法以及可供选择的模式,并提出了具体的改革实施方案;最后,文章提出了保障新的运行机制高效运行的管理措施。