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目的：确定2012年大连市流行性角结膜炎疫情的病原体，鉴定其型别；分析此次疫情病原体人腺病毒56型的主要结构基因特征及重组情况，为今后新型重组D亚属人腺病毒所致疾病的预防控制提供理论依据。方法：1.病原确定：采集2012年大连市流行性角结膜炎疫情的典型病例眼结膜拭子标本30份，采用荧光PCR方法分别以人腺病毒通用引物及肠道病毒通用引物进行检测确定病原，并对其特定片段测序进行分子定型。2.基因特征分析：对检测结果为人腺病毒阳性标本进行病毒分离，针对其主要结构基因六邻体（Hexon）、五邻体（Penton）及纤突(Fiber)基因进行全长测序,与人腺病毒标准毒株进行比对、系统进化及重组分析。结果：1.共有21份标本荧光PCR检测结果为腺病毒阳性，核酸检测阳性率为70.0%（21/30），Hexon基因L1片段核苷酸序列与人腺病毒15、29、56及其重组型高度同源，多重序列比对后构建的系统进化树上与人腺病毒56（HAdV-D56）及其重组型位于同一分支。2.针对其Hexon、Penton及Fiber基因的全长序列系统进化分析结果显示，该毒株为人腺病毒56型，其Hexon基因序列与HAdV-D56标准毒株一致性为100%。Penton基因序列存在15个碱基位点突变，其中14个为同义突变，1个核苷酸突变引起氨基酸改变。Fiber基因序列存在1个碱基位点突变，引起氨基酸序列的改变。系统进化及重组分析显示该毒株Penton基因可能有HAdV-D39参与重组。结论：此次流行性角结膜炎疫情为人腺病毒56型引起，国内未见对该型病毒的正式报道，全球范围内未见由该型病毒引起的大规模流行性角结膜炎疫情的报道。其Penton、Fiber片段氨基酸位点改变是否导致毒株侵袭性增强而引起此次大规模疫情爆发，有待进一步研究论证。