龙眼起源于我国，是我国南方特产果树之一，种质资源十分丰富。但长期以来，对龙眼资源的分类和利用，都是采用林奈和恩格勒的形态特征分类法，往往有些种、品种和品系在外貌和形态特征上十分相似，但亲缘关系和遗传特性却相差巨大，使得龙眼的分类地位及亲缘关系一直存在着较多的争议，并给龙眼的新品种培育和资源利用带来困难。本试验以广西区域内广泛收集的60个龙眼品种为试材，应用ISSR分子标记技术，探讨龙眼的分类和品种之间亲缘关系的研究。试验结果表明：1、通过对SDS、CTAB和改良CTAB法三种基因组DNA提取方法的比较，从纯度、产率等方面考虑，认为改良CTAB法较为适合龙眼基因组DNA的提取。采用该方法提取的龙眼基因组DNA，经电泳检测，主带清晰，无降解，分光光度计检测，A₂₆₀／A₂₈₀的值在1.81-1.84之间，符合ISSR反应的要求。2、通过对Tag DNA聚合酶，dNTP，模板DNA，Primer不同浓度的优化试验及对PCR反应程序的筛选，确定了合适的反应体系和反应程序，从而建立了龙眼的ISSR分析技术体系。在20μl反应体系中，模板DNA 75ng，Primer 5μmol，rTaq polymerase 1 U，dNTP 4 mmol，Tris-HCl（pH 8.3）200μmol。反应程序为：预变性，94℃5min；变性，94′C 1min；退火1min；延伸，72℃2min；40个循环，72℃延伸10min，4℃保存。3、利用筛选得到的12条ISSR引物对全部60个龙眼品种进行PCR扩增，共扩增产生119条总带，其中共有带52条，多态性条带67条，多态性比率为56.30％。扩增片段长度分布在100bp—2000bp之间，平均每个引物能扩出10条带。4、运用NTSYS软件，采用Dice相似系数分析ISSR反应结果，得到了60个品种间的亲缘关系树状图。以0.80作为相似系数的分界点，60个样品通过基因组ISSR分成2大类：龙荔单独为一类，另一类在相似系数0.85的水平将其余的59个龙眼材料分为7个品种群：品种群Ⅰ：东壁、未知实生2；品种群Ⅱ：立冬本；品种群Ⅲ：乌龙岭、九叶乌、佳圆；品种群Ⅳ：灵龙、早白露；品种群Ⅴ：车站、桂香、香蜜、小广眼等12个品种（系）；品种群Ⅵ：大乌圆、大广眼、储良、古山二号、石硖等27个个品种（系）；品种群Ⅶ：青山水柜、洪武本、草灰本、处暑本、桂明等12个品种（系）。5、利用ISSR技术可以对基因组的所有序列直接分析，不受环境的影响，在分子水平上利用ISSR技术对60个供试龙眼品种（系）进行遗传多样性和亲缘关系鉴定，结果非常可靠，是龙眼种质资源研究中快速、可靠、有效的新技术，能为杂交育种亲本组配提供有价值的分子水平上的信息。