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禾谷孢囊线虫病是我国上个世纪80年代末发现的一种新病害,近年来已经成为我国小麦生产上的重要病害之一。禾谷孢囊线虫群体构成非常复杂,不同种类的禾谷孢囊线虫对小麦的致病性也不同。培育抗病品种被认为是防治小麦禾谷孢囊线虫病最经济、安全、有效的方法。要合理利用抗病品种,认识病原线虫的种类和致病型就显得尤为重要。根据形态学和依靠鉴别寄主进行鉴定,不仅费时费工,而且很难鉴别和区分近似种和致病型间的差异。随着分子生物学技术的不断发展,应用分子标记技术鉴别禾谷孢囊线虫的种类和致病型成为一种趋势。本研究旨在建立禾谷孢囊线虫不同群体的快速、准确的分子检测体系,为其监测和防控奠定基础。本研究采用随机扩增多态性DNA(RAPD)、简单重复序列区间(ISSR)和序列特征扩增区域(SCAR)的方法,对黄淮麦区9个禾谷孢囊线虫线虫群体进行RAPD分析、ISSR分析和SCAR标记转化。共筛选了193条RAPD随机引物和43条ISSR引物,获得了3个燕麦孢囊线虫荥阳群体RAPD标记和2个燕麦孢囊线虫荥阳群体ISSR标记。其中引物S301可扩增出大小约为450bp的特异性RAPD条带,引物S419可扩增出大小约为500bp的特异性RAPD条带,引物S417可扩增出大小约为1800bp的特异性RAPD条带。引物UBC842可扩增出大小约为700bp的特异性ISSR条带,引物UBC873可扩增出大小约为625bp的特异性ISSR条带;获得了1个燕麦孢囊线虫保定和商丘群体的RAPD标记,引物S323可扩增出大小约为1600bp的特异性RAPD条带;获得了2个菲利普孢囊线虫许昌群体的RAPD标记,引物S409可扩增出大小约为2100bp的特异性RAPD条带,引物S325可扩增出大小约为300bp的特异性RAPD条带;2个菲利普孢囊线虫淮阳和博爱群体的RAPD标记,引物S232和引物S278扩增出了淮阳和博爱群体特异性条带,大小分别为500 bp和1800 bp。其中淮阳和博爱群体的1个标记已成功转化为SCAR标记。将随机引物S232扩增的特异性RAPD条带进行回收,克隆后送菌液到上海生工公司进行测序,测序结果显示,S232扩增出的淮阳博爱群体的特异性条带大小为517 bp,Blast比对,序列覆盖率(Query coverage)值在4%～14%之间,在NCBI数据库没有发现任何同源序列。根据S232扩增的多态性片段设计的特异性引物进行扩增只有淮阳博爱群体能够扩增出特异性条带,证明这个SCAR标记具有特异性,可以用于淮阳和博爱群体的分子检测。