新疆独特的地理位置和人文环境为少数民族手工制作传统发酵乳制品提供了有利条件,这种传统的制作工艺,使得自然选择之后的优良微生物种群得以保护。研究保护这些微生物资源,对我们进一步认识并利用这些资源具有重要意义。本研究以新疆塔城牧区原料乳及奶酪中的酵母菌为研究对象,采用传统培养与分子生物学技术相结合、PCR-DGGE技术和高通量测序技术三种方法对样品中酵母菌多样性进行了分析研究。(1)共采集到17份样品,通过传统培养方法从10份奶酪样品和7份原料乳样品中分离得到77株酵母菌。其中奶酪样品中44株,分别为34株库德毕赤酵母Pichia kudriavzevii(77%),6株戴尔有孢圆酵母Torulaspora delbrueckii(14%),2株乳酸克鲁维酵母Kluyveromyces lactis(5%),1株马克思克鲁维酵母Kluyveromyces marxianus(2%),1株发酵毕赤酵母Pichia fermentans(2%);原料乳样品中33株,分别为20株库德毕赤酵母Pichia kudriavzevii(61%),2株发酵毕赤酵母Pichia fermentans(6%),3株美极梅奇酵母Metschnikowia pulcherrima(9%),2株乳酸克鲁维酵母Kluyveromyces lactis(6%),2株马克思克鲁维酵母Kluyveromyces marxianus(6%),2株胶红酵母Rhodotorula mucilaginosa(6%),1株葡萄有孢汉逊酵母Hanseniaspora uvarum(3%),1株单孢酿酒酵母Kazachstania unispora(3%)。从以上结果来看,奶酪和原料乳中的优势菌株均为P.kudriavzevii,而剩余酵母菌种类相差较大,且奶酪中酵母菌多样性的丰富程度不如原料乳。(2)采用PCR-DGGE对17份样品的酵母菌多样性分析研究。10份奶酪样品通过DGGE图谱得到11种可鉴别条带,分别为白地霉(Geotrichum candidum)、地霉菌(Geotrichum sp.)、非培养地霉菌(Uncultured Galactomyces)、单孢酿酒酵母(K.unispora)、汉逊德巴利酵母(Debaryomyces hansenii)、季也蒙毕赤酵母(Pichia guilliermondii)、马克斯克鲁维酵母(K.marxianus)、枝细枝孢(Cladosporium ramotenellum)、近平滑假丝酵母(Candida parapsilosis)、异酒香酵母菌(Brettanomyces anomalus)、库德毕赤酵母(Pichia kudriavzevii);7份原料乳样品通过DGGE图谱得到6种可鉴别条带,分别为解脂耶罗威亚酵母(Yarrowia lipolytica)、白地霉(G.candidum)、汉逊德巴利酵母(D.hansenii)、季也蒙毕赤酵母(P.guilliermondii)、马克斯克鲁维酵母(K.marxianus)、库德毕赤酵母(P.kudriavzevii)。其中P.kudriavzevii的丰度最高,是奶酪和原料乳样品中主要的优势菌群,这个结果与传统培养方法得到的结果一致,但两种方法得到的酵母菌种类和数量相差较大。(3)利用高通量测序技术对样品测序分析,总共获得了496953条Tags,1237个OTU,鉴定出4门12纲22目22科30属33种。样品中菌落主要由子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)组成。酵母纲(Saccharomycetes)为优势菌纲,假丝酵母属(Candida)为优势菌属。奶酪样品中主要的种以Candida xylopsoci为主。乳清和凝乳中主要的菌种也为Candida xylopsoci。此方法得到的结果与培养和PCR-DGGE方法得到的结果存在较大差异,但使我们对样品中微生物的菌群结构有了全面的认识。传统培养方法与非培养方法都能够证实奶酪及原料乳中酵母菌菌群丰富多样,所采用的三种多样性分析方法也各具优劣。传统培养方法受菌种特性的影响,但可以获得纯培养菌株,用于后续益生菌的益生试验;PCR-DGGE直接、快速地反映样品中菌群的组成,包括一些不可培养菌株;高通量测序技术得到的菌株种类比DGGE更多,更全面的反映出样品中菌群的构成和丰度。