经过五十年的不懈努力,欧盟已成为当今世界上发展水平最高,规模最大的区域一体化组织。而欧盟的跨境合作模式作为欧盟区域一体化发展的创新,在加速欧盟边境地区社会经济发展,促进欧盟内部的平衡发展和经济社会聚合,推进欧洲一体化进程等方面取得了显著效果。跨境合作是欧盟内部不同国家边界两侧,地理相邻的一部分地区间的合作,它涉及制度、经济、法律、文化、教育等多方面跨边界和跨境合作。欧盟的跨境合作之所以能够克服诸多困难取得成功与其特殊体制有着密切关系,以及和这一特殊体制相对应的治理机制。本文以欧盟的跨境合作为切入点,分析多层级治理理论在跨境合作中的具体运作,深化我们对欧盟多层级治理的理解和认识。文章分为四部分:第一部分主要介绍欧盟跨境合作的发展和内容。通过了解跨境合作近五十年的发展变化以及跨境合作的类型,可以全面的掌握跨境合作实践流程。首先欧盟提出Interreg项目为跨境合作提供了基金支持,而在地区和地方政府层面,不仅有当地政府的积极运作,各种正式和非正式的组织机构也积极参与,从而克服了阻碍跨境合作的不利因素,推动跨境合作顺利进行。第二部分着重分析跨境合作中的治理机制。在梳理了欧盟治理理论基础上,进一步认识欧盟治理的特殊性。欧盟内部形成的是超国家、国家、次国家行为体共同参与、共享权力的多层级治理机制。然后从多层级治理理论的发展,多层级治理的特征,多层级治理的架构三个方面,深化理解和认识多层级治理理论。最后以上莱茵跨境合作区为范例,分析多层级治理理论在跨境合作中具体运作。第三部分总结了多层级治理理论在跨境合作中的治理成效。跨境合作面临边界问题,边界则是主权国家领土的分界线,因而会形成“边境效应”。多层级治理下的协调机制则有效的克服了边境效应带来的诸多阻碍因素,促进跨境合作的顺利发展。第四部分分析多层级治理的困境。通过对跨境合作中多层级治理的运作分析,本文从多层级治理的超国家局限性、次国家层级参与的两面性、各级层级治理的冲突性三个方面进一步探讨其治理的困境。随着欧洲一体化进程的不断发展,欧盟的多层级治理逐渐趋于完善。但是多层级治理理论在实践的发展中仍然会面临新的问题,因此,从跨境合作这一角度可以全面细致认识欧盟治理,总结欧盟治理的成效,深入探讨欧盟治理的困境,从而使我们对欧盟一体化进程及前景具有更加理性的认识。