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第一章是前言部分,主要介绍了分子的柔性研究和分子的构象分析的一些基础知识和研究现状.第二章主要讨论了分子动力学模拟的一些基本原理、应用范围和实施方法.第三章是二糖分子α-L-鼠李糖-（1→2）-β-D-木糖（简称为RX分子的扭动动力学研究.第四章通过对一个五肽分子的二面角扭动运动之间的关联性的模拟研究,表明蛋白质在折叠过程中应该是高度相关的,著名的Levinthal佯谬所隐含的独立过程假设极大地高估了构象空间搜索的范围.第五章和第六章分别是两个有重要生理活性的分子睡眠肽（DSIP）和核苷酸二聚体D-Thymidyl-(3-5)-L-Thymidyl phosphate（D/L-TPT）的构象分析.