冬虫夏草是由冬虫夏草菌侵染青藏高原高寒草甸土中的蝙蝠蛾幼虫而形成的僵虫与真菌子座的复合体。冬虫夏草菌的无性型是中国被毛孢,但天然冬虫夏草上还存在着许多其他真菌,是一类很重要的真菌资源。这些真菌中的某些种类具有与天然冬虫夏草相类似的化学成分或药理活性,并已被开发利用。因此,我们推测天然冬虫夏草可能存在一个复杂的微生物区系。冬虫夏草区系中的真菌可能与冬虫夏草菌协同作用才形成冬虫夏草,因此对冬虫夏草真菌群落多样性进行全面认识非常有必要。鉴于国内外尚未对冬虫夏草真菌群落的物种多样性进行系统研究,本研究将通过培养和非培养两种方法分析不同地域天然冬虫夏草以及冬虫夏草不同部位的真菌群落结构,明确不同地域冬虫夏草区系中真菌的种类及其丰度；通过比较分析,推断出不同地域冬虫夏草相同部位共有的真菌种类,为进一步研究冬虫夏草区系中的其他真菌与冬虫夏草菌的相互关系及其在冬虫夏草形成过程中的作用奠定基础。此外,本研究还可以在人们食用冬虫夏草方面予以指导和保障,并可进一步丰富我国的药用真菌资源。本研究以采自云南省德钦县、西藏自治区芒康县、西藏自治区隆子县和西藏自治区墨竹工卡县四地的冬虫夏草为实验材料,通过两种方法(即培养法和非培养法)共分析了3192个菌株或克隆(包括培养法分离的485株真菌,非培养法2707个阳性克隆)。通过SSCP(单链构象多态性；single-strand conformation polymorphism)技术筛选出453个菌株或克隆(培养法166株真菌,非培养法287个克隆)进行测序,对所得序列使用DNAMAN软件进行同源树分析,以97%为界限将所有菌株或克隆区分为141个OTU(可操作分类单元；operational taxonomic unit)(不包含动植物类群),其中子囊菌94个OTU,担子菌25个,接合菌13个,其他未知的9个。在这些OTU中,Ophiocordyceps sinensis(71%),Geomyces vinaceus(5%)和Penicillium swiecicku(4%)为优势种。云南德钦冬虫夏草样品培养法分离到123株真菌,非培养法分析了670个阳性克隆,两结果整合以后共可分为47个OTU；西藏芒康样品分离到158株真菌,分析了710个阳性克隆,共可分为60个OTU；西藏隆子样品分离到108株真菌,分析了683个阳性克隆,共可分为44个OTU；西藏墨竹工卡样品分离到96株真菌,分析了644个阳性克隆,共可分为43个OTU。西藏芒康样品各多样性指数均为最高,具体为丰富度指数(Ma)8.72,多样性指数(H)2.25,均匀度指数(P)0.55,优势度指数(D)0.74。相似性系数(Cs)分析结果显示,西藏隆子样品和西藏墨竹工卡样品相似性最高(Cs=0.3)。